基因组进化与免疫失调及其在癌症中的转化意义

尽管近年来出现了几种新的治疗方法，但大多数癌症仍然无法治愈。一小部分细胞在治疗后存活(作为微小残留疾病)，最终导致复发。核心问题是，许多治疗方法要么本身利用和/或诱导DNA损伤，要么与诱导DNA损伤的药物(如美法兰)联合使用。这种疗法虽然能杀死癌细胞，但也会增加剩余癌细胞和正常细胞的基因组不稳定性。由于基因组不稳定性是获取疾病进展所需的基因组和功能变化的工具，因此我们有必要阐明基因组不稳定性的潜在机制，以描述发病机制，克服耐药性，并开发靶向而不是辅助基因组进化的治疗方法。

不断进化的能力不仅使癌细胞获得有助于疾病发展和进展的新特征，而且对癌症的治疗和诊断提出了巨大的挑战。此外，由于基因组不稳定而获得的变化可能预测患者的预后。基因组不稳定性可能是许多因素的结果，这些因素可以是外在的，如暴露于食物和环境中的有害因子，也可以是内在的，如食物代谢物和/或参与基因组维持的途径的畸变。基因组不稳定性及其在癌变过程中的激活机制尚不完全清楚，识别这些机制(外在的和内在的)可能有助于开发新的癌症预防和治疗策略。

最近，全外显子组和全基因组测序已被用于定义特定的突变特征和克隆进化类型，这可以深入了解癌症基因组不稳定性的机制和过程。同样，这些强大的方法在单细胞上的应用，进一步彻底改变了基因组学和癌症研究领域。虽然这些工具中的一些已经导致了新靶点的识别，但仍有待观察:1)突变特征是否可以准确预测相应的活动;2)在正常环境和癌症环境中，特定的信号及其中介是否保持不变;3)这些特征或它们影响的基因组区域的可重复性如何;4)新技术/工具与其他平台(例如RNASeq vs. microarray)相比如何?5)这些技术在单个细胞上的应用有多准确?同样，炎症和肿瘤微环境的作用在转化性癌症研究中也具有重要意义。

本研究主题邀请回顾和原创研究论文，描述基因组学和基因组进化、炎症和/或肿瘤微环境领域的最新发现，研究如下:

-从整个外显子组、基因组和RNA测序中获得的突变特征、克隆动力学和其他信息的验证和翻译相关性。
-比较新的测序技术和旧的测序方法。
-癌症中基因组不稳定和炎症的分子机制和后果。手稿可以单独提供这些领域的新信息，也可以将它们联系在一起。
-验证新的预后工具和针对基因组不稳定性、端粒维持和炎症的新治疗策略。
-识别新的潜在致癌物和减少接触和/或防止导致癌症发展或进展的新的基因组变化的新想法。

请注意:仅由生物信息学或公共基因组或转录组数据库的计算分析组成的手稿，没有附带验证(独立队列或体外或体内生物学验证)，不在本节的范围内，不被接受为本研究主题的一部分。

关键字基因组学，免疫失调，基因组不稳定，DNA damabe，全外显子组测序，全基因组测序

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