在印度的出现οXBB.1.5变体:一个简短的报告少数病例的临床表现
茉莉花Samal
Arjun布格拉
Varun Suroliya
帕拉Gautam
Reshu阿加瓦尔
Chhagan比哈尔语
Ekta”Gupta- 1临床病毒学、肝脏和胆科学研究所,新德里,印度
- 2基因组测序实验室,肝脏和胆科学研究所,新德里,印度
- 3肝脏和胆科学研究所病理学系,新德里,印度
尽管导航COVID-19大流行的三年时间,科学家仍在应对疾病由于常数/ subvariants小说变异的进化。在过去的几个月里,全球暴跌COVID-19情况下建议我们对流行COVID-19过渡。然而,新ο分支(XBB变体)正在推动一个新的全球激增的情况下。一些初步的研究结果表明,XBB.1.5 subvariant更immune-evasive并显示更高的约束力ACE2人类比其他相关受体οsubvariants循环。这首开先河的报告中,我们将讨论一些XBB.1.5情况及其临床特点在德里,印度北部。
介绍
开始以来的冠状病毒(COVID-19)大流行2019年12月,严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2 (SARS-CoV-2)不断发展的,具有挑战性的人类生活的各个领域。新COVID-19变体的出现及其个亚系仍在增加由于免疫压力授予接种疫苗的联合效应和自然感染(1,2)。动物园中immune-evasive变体,B.1.1.529(买卖)就是这样的一个变体是高度传染性(3)。2022年1月以来,它已经在全球范围内流通的主要变体和驱动的出现超过680个亚系(https://cov-lineages.org/lineage_list.html),导致许多国家的疫苗突破和再感染(4)。基于当前的现有证据,世界卫生组织(WHO)称为BQ.1.1和XBB * (XBB及其个亚系,包括XBB.1.5)作为“οsubvariants监控”(5),没有观察到显著增加住院和严重程度。新出现的subvariants,特别是ο个亚系和演变两个或更多个亚系(XBB之间的重组*,X表示这subvariant形成由于重组),提出了一个关心公共卫生作为积累的突变病毒基因组中的星座大大促进病毒传播能力和主机immune-evasiveness (6,7)。
XBB.1.5重组的两个前任个亚系BA.2.10.1 BA.2.75,首次报道在美国(集合时间:26th2022年10月,在访问https://gisaid.org/hcov19-variants/,(8)。科学家认为XBB.1.5增加了对再感染的易感性的一个升级遗传性和增强免疫逃避属性比其他οsubvariants (6,9)。的患病率XBB.1.5 subvariant全球正在上升,从2%急剧增加(12月初)到50%(1月初)最初观察到在美国的一些地区(10)。的突变F486P飙升糖蛋白受体结合域的使XBB.1.5不同于其前任,XBB XBB.1。这种氨基酸位置容易突变不同血统的例如,F(苯丙氨酸)改变了V(缬氨酸)在BQ.1.1和S XBB.1(丝氨酸),P在XBB.1.5(脯氨酸)。(见补充图1)。F486P之前已经与增加ACE-2受体结合相比F486S (11)。在最近发表的一篇文章中,越等人建议增加人类ACE2受体结合的能力作为一个潜在因素的高传播性XBB.1.5 subvariant (7)。
的6th2023年4月,已经有大约141100例XBB.1.5 *(现在进一步多元化成26个亚系XBB1.5.x)从全球98个国家,从美国大约58%的序列(https://outbreak.info/)。第一个提交的情况下属于我们一组26日期th10月,2022年。根据疾控中心的最新更新COVID数据跟踪,在1圣2023年4月,XBB.1.5占总病例的90%。所示补充图2XBB *个亚系的流行,2022年9月后开始上涨,取得进展缓慢。有趣的是,在我们提交摘要的时间框架(1圣星期2月,2023)和修订(假种皮2nd周,2023),οsubvariant XBB.1.16已经开始取代当前循环subvariants在印度(图1)。
图1印度的血统流行在过去6个月(比较显示只有XBB.1.5 XBB.1.16和其他ο血统)。时间是x轴和y轴的相对频率血统。图中出现越频繁的血统并不为了比较这三种血统。目前,XBB.1.16是最主要在印度血统,超越其他ο血统以巨大的优势。从公共存储库的数据,https://covglobe.org。的时间周期是1圣周2022年11月到3月的最后一周,2023年。
英国卫生安全局(UKHSA),欧洲疾病预防与控制中心(ECDC)和疾病控制和预防中心已经预期,免疫逃避subvariant大师,XBB.1.5 *可能会增加总体发病率在未来几个月(2023年1月),然而,直到现在,没有主要的住院和严重程度与此相关变体。
我们的经验与XBB.1.5
当我们在写这篇手稿2023年1月,有限的数据对XBB.1.5 subvariant是可用的。这变种是逐渐其他immune-dodging同行体型,我们报告的最初几例XBB.1.5 * subvariant从北印度(新德里状态)。这项研究是第一个描述临床特点的subvariant XBB.1.5情况下在一个印度人。作为德里政府和INSACOG的一部分(印度SARS-CoV-2基因组学财团)基因组测序实验室,中心一直在追踪和报告工具SARS-CoV-2变体在德里人口(12,13)。从印度(访问的数据https://outbreak.info/24日th2023年4月,(14)表明,共有375例XBB.1.5 *已确认和记录。在古吉拉特邦发现了第一个病例,一组日期8th2022年11月。其他州被发现的地方是峡谷,最初是马哈拉施特拉邦(7例),新德里(5例),古吉拉特邦(5例)、卡纳塔克邦(2例),泰米尔纳德邦(2例),Telangana(2例),和喀拉拉邦(1例)。
至今为止(6th2023年4月),我们发现65例XBB.1.5 GISAID)(上传(图2)。在我们的基因组监测数据,系统揭示集群XBB.1.5序列相比其他序列XBB sub-lineage (图2)。基本的人口和临床细节的人感染了XBB.1.5 subvariant简要描述在这个手稿。总的来说,病例的平均年龄是43年(IQR: 30.5 - -57.5)和平均Ct值的实时RT PCR ~ 20.8±3.8。男:女比例是0.8:1。所有的病例出现轻微或无症状SARS-CoV-2感染和完全康复。没有严重的住院观察。其中,5例(8%)有一个最近的国际旅行的历史。所有的情况下都完全接种两剂疫苗。所有情况下都属于不同的地理位置和彼此没有关系。根据我们得到的信息,只有一个案子COVID-19传染给其他家庭成员(测序细节不可用)。
图265年样本集的种系发生树SARS-CoV-2 XBB.1.5序列(GISAID IDs中提供相应的样品补充材料),连同BA.1 BA.2 XBB.1, XBB.1.16 ilb医院、新德里。参考菌株的ID是MN908947.3。树在大型构造(诉11.0.13)使用邻居加入方法和模型最大复合的可能性和图形从无花果树(诉1.4.4)。
讨论和结论
我们的65例的初始数据表明XBB.1.5引起轻微的感染。没有观察到集群的形成,也没有这些情况下增加增加积极性的情况下特定的地理区域。虽然这是国家级的初步观察样品测序基因组测序实验室(包括印度人口主要),从我们收集的数据中心和全国常数低COVID-19病例的数字表明XBB.1.5病例激增的可能性降低。此外,我们没有观察到任何XBB.1.5协会与严重性。然而,是否印度将看到一个激增的情况下仍在审查中,我们需要密切关注景观的改变循环变异。
数据可用性声明
最初的贡献提出了研究中都包含在这篇文章/补充材料,进一步的调查可以直接到通讯作者/ s。
作者的贡献
JS和阿瑟:写作初稿和数据分析,对PG:数据管理、分析、和编辑手稿,RA和CB:数据收集和手稿编辑,如:概念化、监督、审查和编辑的手稿。所有作者的文章和批准提交的版本
资金
这项工作是由美国生物技术、科学技术部,印度政府。(格兰特数字:BT / PR7403 /地中海/ 29/657/2012和RAD-22017/28/2020-KGD-DBT)和国家首都直辖区政府德里,印度(格兰特号码:F.8 (343) / ilb / VAR / SEQ /导出/ 2021/21705 / CD-000654524/215)。
确认
我们承认政府德里NCT)为促进全基因组测序实验室COVID-19研究所。我们也致以感谢全国肝病生物ilb,新德里提供下一代测序平台。我们也感谢美国国家气象资料中心,新德里和INSACOG无条件的支持。我们感谢ilb技术和管理人员的帮助和支持在项目实现。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
补充材料
本文的补充材料在网上可以找到:https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fviro.2023.1158703/full补充材料
引用
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关键词:COVID-19 XBB.1.5,买卖,XBB *, immune-evasive BQ.1.1、印度
引用:Samal J,布格拉,Suroliya V, Gautam P, Agarwal R,比哈尔语C和E古普塔(2023)的出现οXBB.1.5变体在印度:一个简短的报告,少数病例的临床表现。前面。性研究。3:1158703。doi: 10.3389 / fviro.2023.1158703
收到:2023年2月04;接受:2023年5月19日;
发表:2023年6月02。
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*通信:Ekta”Gupta,egupta@ilbs.in,ektagaurisha@gmail.com
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