Co-circulation登革热病毒的血清型1和3在塞内加尔Fatick地区的2018人
逃往Tidiane souare Diagne1,
伊迪昂
1 *,
Oumar法耶
1,逃往下降1,Mamadou Aliou巴里2,Maryam迪亚拉2,Oumar Ndiaye1,玛丽·迪奥Ndione h1,Mamadou Ndiaye3,暴咪咪迪奥普3,Abdoulaye布索4,
Abiboulaye萨尔
5,Gamou下降1,逃往Loucoubar2,Yamar英航6,
火绒α萨尔
1,Mawlouth迪亚洛6和达博法耶1
- 1达喀尔巴斯德研究所,钢管de Virologie塞内加尔达喀尔
- 2达喀尔巴斯德研究所、团结d 'Epidemiologie de矫揉造作的倩碧et de科学数据,塞内加尔达喀尔
- 3Ministere de la桑特et de l 'Action Sociale,方向de la预防,塞内加尔达喀尔
- 4Ministere de la桑特et de l 'Action Sociale,中心d 'Operations des紧急防疫线(8),塞内加尔达喀尔
- 5Ministere de la桑特et de l 'Action Sociale,地区医学德迪乌贝尔迪乌贝尔,塞内加尔
- 6达喀尔巴斯德研究所,团结de Zoologie医学研究院,塞内加尔达喀尔
10日th2018年9月,症候群的哨点监测网络,监控所有14个区域的发热性疾病Fatick塞内加尔的峰值检测到热的地区。2018年9月13日,10个样本被送往世卫组织合作中心为虫媒病毒和病毒性出血热在达喀尔巴斯德研究所(IPD)。实验室调查揭示了登革热的流行1基因型V和登革3基因型三世。Fatick邻居图巴的圣城,每年有350万人从全世界收集大Magal朝圣。本文讨论了影响群众集会和他们的角色在最近引入登革热血清型在塞内加尔。登革热是现在在非洲塞内加尔和在许多国家流行,强调早期检测的需要,控制措施和预防严重的登革热病例在高度连接城市设置。
介绍
登革病毒(DENV)负责全球多数节肢动物传播的病毒感染(1),在人类之间传播的伊蚊蚊子(2)。DENV由四个不同血清型(DENV1-4)属于黄病毒属。尽管大多数登革热病例无症状,伴有发热、严重疾病可能发生肌肉痉挛,关节疼痛或死亡。患者之前接触到另一个黄病毒或不同血清型登革热的风险可能更大发展中登革出血热(DHF)或登革休克综合征(DSS)当登革出血热进展到一个临界状态与多器官衰竭(3)。登革热病毒在塞内加尔在1970年从发热少女Bandia村(4)。城市登革热流行后来发现在2009年的达喀尔与登革出血热和DSS例(5)。
道德的考虑
在这项研究中,我们使用样品收集的一部分,通过持续的监控进行的达喀尔巴斯德研究所(世界卫生组织合作中心和虫媒病毒出血热参考和研究)。塞内加尔国家伦理委员会批准的协议作为一个小于最小的风险研究,和书面同意形式都不是必需的。所有人类消除识别信息之前我们执行病毒样本的描述和分析。
结果和讨论
2018年9月13日,IPD的参考实验室确认的登革热的哨点监测站点Ndiaye Ndiaye Fatick,塞内加尔,通知一个疑似病例。IPD组成的工作组与rt - pcr快速反应小组部署移动实验室区域医院广泛的测试。结果传递给医生在两小时的抽样。病人急性发热性疾病,下面的两个或两个以上的临床症状和体征(关节痛、肌痛、头痛、呕吐、衰弱,retro-orbital疼痛,皮疹和出血表现)被定义为疑似病例和检测现场DENV使用LightMix病毒血清型1 - 4®模块化DENV rt - pcr试剂盒(TIBMOLBIOL-Germany)和SmartCycler®二世(Cepheid-USA)的移动实验室。进一步调查的样本也送往IPD的微分虫媒病毒和病毒性出血热病毒MAC-ELISA和蚀斑减少中和试验(PRNT)。1267名患者来自Diofior (20), Fatick (1224), Foundiougne (2), Gossas (10), Niakhar (9), Sokone(2)进行了测试,其中,55例(4.3%)被发现感染了DENV。共有34例登革热rt - PCR阳性(33例确诊病例在Gossas Fatick区和1例确诊病例)和21患者血清IgM (PCR -)积极的Fatick区。M: F case-patients性别比例是0.62(13男,20女性)和平均年龄是26岁表1)。所有经PRNT登革热IgM阳性样本。
表1疑似和确诊Fatick登革热病例特点,塞内加尔,2018。
34岁的rt - pcr阳性样本,20使用登革热打字工具包(Cat-No预定义的血清型。40-0700-24)(TIBMOLBIOL-Germany)随机选择尝试使用蚊子病毒隔离C6/36连续细胞系在IPD根据先前描述的协议(6)。14 DENV隔离成功恢复。满DENV-E基因编码区域放大了rt - PCR与特定血清型E基因引物,扩增子的预期大小纯化从琼脂糖凝胶电泳后切除后使用QIAquick旋转PCR净化设备(Qiagen-Germany)和桑格测序登革热血清型鉴定和系统发育分析。结果基于E基因测序其次是最大似然系统发育分析显示,两个截然不同的血清型co-circulated在此爆发:DENV-1 V基因型密切相关隔离有流传2013年,新加坡和塞内加尔蒂斯地区2018年序列相似度分别为98.91%和99.73% (图1在绿色的)。此外,DENV-3序列属于基因型三世和登革热疫情期间获取的是密切相关的隔离在布基纳法索2017年(MT2611979)和蒂斯区域在塞内加尔在2018年爆发(MW288031) (图1彩色序列相似性,红色)的99.31%和99.68%。有趣的是,所有序列从塞内加尔(Fatick和蒂斯暴发)是密切相关的,落在一个单源集群显示两个流行之间的联系。
图1基于最大似然(ML)树DENV全面E基因DENV菌株在Fatick发现,多重序列比对是通过使用Mafft (7)和系统发育树构建使用最大似然方法实现IQ-TREE (8)。1000复制序列的数据被用于鲁棒性。树显示了孤立的病毒之间的关系在这个研究标签名称颜色分别为红色(DENV-3)和绿色(DENV-1)和(*)的迹象表明62年全球登革热病毒序列属于描述血清型(DENV1-4) TIM2 + F +我+ G4核苷酸替换模型采用基于BIC准则。它表明,菌株Fatick属于DENV-1和DENV-3种血清型。
这项研究强调了一个额外的co-circulation至少两个不同的血清型在一个爆发在塞内加尔Louga地区2017年登革热疫情的co-circulation DENV-1和DENV-2 (7),捷斯地区登革热疫情于2018年揭示co-circulation 3种血清型(DENV 1 - 3) (8)。许多DENVserotypes co-circulation在同一地区是一个风险因素的出现严重的登革热感染(9)。根据公布的数据,严重登革热病例在非洲并不常见。发表的研究表明,具有非洲血统的人不太容易受到严重的登革热相比其他祖先群体。然而,登革热在非洲的情况很可能低估了由于卫生条件恶劣,漏报和误诊(10)。
除了诊断检测,快速反应小组提供本地化和监控嫌疑人和确诊病例,通过详细的调查调查他们的联系人。22之间的矢量进行了调查nd- 30th2018年9月在第二次人类病例是9月10日报道th,2018年。调查了确诊病例的地理位置和他们的联系。接下来,调查进行一步一步的疫源地确诊病例的半径200米,和关注的法度人疑似病例在社区层面的知识在两个月前调查。积极发现病例还在初级卫生保健中心进行记录。从所有这些病例的流行病学和临床信息获得使用结构化的问卷调查。
IPD昆虫学团队寻找蚊子幼虫在接触的环境为了提供有效的矢量控制策略。单对所有蚊子矢量控制方法的不足,因此结合使用的方法。成年蚊子种群抽样方法包括一个背包的使用吸引器(BioQuip产品),除虫菊喷雾捕获,Biogent哨兵陷阱和Biogent妊娠成人陷阱。总共16个蚊子四属被发现在调查期间。之前发现的物种与DENV在塞内加尔(埃及伊蚊、白纹伊蚊metallicus,伊蚊luteocephalus和伊蚊vittatus)代表8.5%的5449年收集的雌蚊。疫情风险指数的调查地区的风险阈值(23.4≤BI≤77.1和26.6≤RI≤53.2),这表明采样地方Fatick DENV传播的风险。沉重的降水可促进水生栖息地的形成有利于病媒滋生从而增加人口密度矢量以及传播的风险。然而,报告登革热病例监测系统代表了一小部分真正的感染,许多感染是识别由于无症状感染和症状误诊病例不报告或与其他疟疾等疾病。
结论
2018年9月13日,在塞内加尔登革热病例Fatick地区被发现。全面DENV E测序显示co-circulation DENV-1基因型V和第三DENV-3基因型。基于系统学的树木,我们相信这些菌株被旅行者在塞内加尔介绍来自亚洲、澳大利亚、美国和非洲西部。事实上,Fatick地区位于50公里远迪乌贝尔地区和图巴的圣城。每年,约有350万人来自塞内加尔和宏伟的不同大陆聚集在图巴Magal朝圣。这一重要质量收集可能导致登革热血清型在图巴的引入及其附近(11)。
登革热是低估了在非洲的负担由于误诊与大量的发烧的原因和难以获得卫生保健的(12)。到目前为止,越来越多的普通登革热疫情已报告在塞内加尔和证据的活跃与疟疾co-circulation已经记录在Kedougou(塞内加尔东南部)在2009年和2013年之间(5,11,13,14)。即使移动实验室允许快速登革热病例管理的引入流行期间,我们认为可伸缩的和具有成本效益的资源如快速诊断测试与已经存在的数据管理和报告系统应该实现在不同的健康中心为了1)有效地处理登革热的流行疾病通过一个健壮的监测系统在塞内加尔和2)更好地理解病毒的流行病学和传播。提高非洲的登革热的理解是至关重要的,特别是在co-circulating种血清型的环境严重的登革热的风险降到最低设置访问必要的医疗设施差的疾病管理。
数据可用性声明
原始数据支持了本文的结论将由作者提供,没有过度的预订。
道德声明
在这项研究中,我们使用样品收集的达喀尔巴斯德研究所进行的一项持续的监测(世界卫生组织合作中心为虫媒病毒和出血热参考和研究),塞内加尔卫生部批准。作为常规监测的一部分,书面同意形式是不需要和所有的人类样本样本描述和数据anaylysis之前消除识别信息。
作者的贡献
DI特区FC, DM:执行试验、数据分析和写手稿。BA和:收集样品。所有作者的文章和批准提交的版本。
确认
我们感谢穆萨Dia先生和Arame Ba与实验室诊断的技术支持。这项工作是由达喀尔巴斯德研究所,塞内加尔。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
引用
1。Jentes, RR,约翰逊,锋利的TM,亨利R,布雷迪橙汁,等。以证据为基础的风险评估和交流:一个新的全球dengue-risk地图旅行者和临床医生。J旅行(2016)23:1-5。doi: 10.1093 / jtm / taw062
2。Diallo M,英航Y, Faye O, Soumare ML, Dia我,萨尔AA。矢量能力的埃及伊蚊的数量由塞内加尔森林型和2流行登革热病毒隔离在西非。反式R Soc太地中海Hyg(2008)102:493-8。doi: 10.1016 / j.trstmh.2008.02.010
4所示。罗宾Y,短号,Le Gonidec血红素G, G . Isolement du登革热病毒de la盟塞内加尔。记录l 'Institut巴斯德/ Virologie(1980)131:149-54。0769 - 2617 . doi: 10.1016 / (80) 90029 - 5
5。阿法耶,英航Y,法耶啊,要C, Diallo D,陈R,等。城市登革3型病毒感染的流行,塞内加尔,2009。新兴感染说(2014)20:456-9。doi: 10.3201 / eid2003.121885
6。迪昂我Hedible BG Diagne MM,埃尔华AA, Diagne CT, C, et al。揭示了登革病毒血清型的循环移动实验室我亚裔在麦地那gounass (Guediawaye),塞内加尔。诊断(2020)10:408。doi: 10.3390 / diagnostics10060408
7所示。Miyata Katoh K, K三泽,Kuma K, t . MAFFT:一种新型快速多重序列比对方法基于快速傅里叶变换。核酸Res(2002)30:3059 - 66。doi: 10.1093 / nar / gkf436
8。Nguyen L-T施密特哈,冯Haeseler,明BQ。IQ-TREE:一个快速和有效的随机算法估计最大似然的发展史。另一个星球杂志(2015)32:268 - 74。doi: 10.1093 / molbev / msu300
10。用,Ndiaye T, Sy M,同类群AB, Thiaw AB,先尼,等。基因调查蒂斯的登革病毒疫情,塞内加尔,在2018年。Sci代表(2020)11:10321。doi: 10.1038 / s41598 - 021 - 89070 - 1
11。Halstead某人登革热锁定增强:所有已知和未知。Microbiol Spectr(2014)2:30-48。doi: 10.1128 / microbiolspec.aid - 0022 - 2014
13。马Diagne CT,巴里,英航Y, Faye O,萨尔AA。登革热疫情在图巴、塞内加尔:影响大magal朝圣的旅客。J旅行(2018)1:1-2。doi: 10.1093 / jtm / tay123
14。格辛PW, Bhatt年代,布雷迪橙汁,墨西拿JP,大学法洛啊,莫耶斯CL, et al。登革热的全球分布和负担。自然(2013)496:504-7。doi: 10.1038 / nature12060
15。苏赫奈泉C, Goumballa N, Gautret p .大magal的touba时间的登革热疫情在塞内加尔。地中海旅游感染说(2019)28:107-8。doi: 10.1016 / j.tmaid.2018.11.002
关键词:登革热、虫媒病毒、流行病、公共卫生、塞内加尔、Fatick
引用:Diagne CT,迪昂我空间啊,秋天C,巴里·马迪亚拉M, Ndiaye O,迪奥Ndione MH, Ndiaye M,迪奥普B,布索,萨尔,G, Loucoubar C,英航Y,萨尔AA, Diallo M和阿法耶(2023)Co-circulation登革热病毒的血清型1和3在塞内加尔Fatick地区的2018人。前面。性研究。2:1009382。doi: 10.3389 / fviro.2022.1009382
收到:2022年8月01;接受:2022年11月07;
发表:2023年1月30日。
编辑:
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