肠道细菌反映了改编的Diestrammena japanica(直翅目:Rhaphidophoridae)洞穴
依依董
Qianquan陈1 __,
Qiuping刘
Leitao谭
Qingbei翁- 1生命科学学院、贵州师范大学、贵阳,贵州,中国
- 2Duyun Qiannan民族师范大学,贵州,中国
肠道微生物群至关重要的营养、增长,适应的主机。Diestrammena japanica清道夫,洞穴生态系统提供能量,是一个关键物种的岩溶洞穴在中国。它栖息在洞穴的每一个地区,无论光线的影响。然而,它的形态取决于光的强度。肠道细菌反映其是否适应洞穴环境仍然是未知的。在这个研究中,d . japanica收集的光区域,弱光,和三个岩溶洞穴的黑暗区域。这些人的肠道细菌的特性,包括组成、多样性、潜在的代谢功能,肠道微生物群的共生网络,研究了基于16 s rRNA基因测序分析。氨基酸残基的嗉囊也评估。此外,我们探讨了肠道细菌的洞穴适应的贡献d . japanica从三个不同的区域。研究结果表明,肠道细菌组成的245操作分类单位(辣子鸡)从九门,厚壁菌门是最常见的门。虽然肠道细菌群落的组成和多样性d . japanica三个光区域没有显著不同,细菌群体可能提供不同的功能d . japanica在不同的光强度。d . japanica洞穴的栖息地的代谢率低于根据地区。我们推断大多数肠道细菌有可能从事营养和提供d . japanica必需氨基酸。此外,肠道细菌可能在适应中发挥作用d . japanica的身体的大小。揭幕的肠道细菌群落的特性d . japanica不仅有助于阐明探索角色适应宿主肠道细菌的岩溶洞穴环境。
介绍
在动物的肠道微生物丰富,它们中的大多数都是有利于宿主的健康和各种生理过程(道格拉斯2011;恩格尔和莫兰,2013),包括营养、开发、复制、国防和解毒(道格拉斯2015)。例如,他们提供营养,主机不能合成,如必需氨基酸,维生素B,和固醇(道格拉斯2009,2015年)。与哺乳动物相比,在昆虫肠道微生物群的多样性在不同类群之间的差异显著,可能是复杂的饮食的结果,寿命的变化和肠道生理(道格拉斯2011)。的蜜蜂例如,拥有14个物种;然而,Reticulitermes speratus拥有254个操作分类单位(辣子鸡)(科尔曼et al ., 2012)。
岩溶是一种溶于水形成可溶性岩石地上石头森林和洞穴在地球。它占地球上大约20%的土地不被冰覆盖,提供水大约世界人口的25% (Bystriakova et al ., 2019)。中国西南喀斯特地区,世界上最大的喀斯特地区,25全球生物多样性热点地区之一(罗et al ., 2016)。岩溶洞穴的特点是黑暗,湿,恒定的温度,空气流通差,高浓度的二氧化碳,缺乏食物,和低生物量(拉瓦et al ., 2007)。昆虫适应洞穴环境的多个特性包括形态适应性(失明和身体颜色变化),生理适应性(低代谢率和有限公司2公差)、和行为适应(昼夜节律和交配行为变化的损失)(霍沃斯和摩尔多瓦,2018)。因此,洞穴居民的理想模型探索生物对环境的适应性。
Diestrammena japanica布拉奇利(直翅目:Rhaphidophoridae)的主要昆虫岩溶洞穴,发现在所有地区的洞穴。然而,个人从不同的光强度表现出不同的形态特征。之前的报告d . japanica主要集中在人口构成(李et al ., 2001;李,2006),环境因素对人口结构的影响(李,2006),它的身体在山洞里的重金属浓度重金属污染(徐et al ., 2010;你们和李,2011年)。d . japanica根据光强度可以访问不同的食物。具体来说,光地区物种消耗更多的苔藓和蕨类植物,物种在弱光和黑暗的区域以更多的动物尸体和真菌(李,2007)。然而,肠道细菌成分及其角色的适应d . japanica洞穴栖息地仍然未知。
在这项研究中,16 s rRNA基因深度测序是用来揭示肠道微生物群的组成和结构d . japanica岩溶洞穴的入口附近地区(光)和洞穴的栖息地(弱的亮区和暗区)。结果表明,厚壁菌门是最主要的门,和乳酸菌是最丰富的属。群落组成和多样性指数不受光强度的影响。系统未被注意的国家调查社区的重建分析暗示许多肠道细菌参与营养,比如几个氨基酸生物合成途径。肠道细菌的d . japanica表现出低多样性但强大的黑暗地区的合作互动。这些结果表明,肠道细菌可能会有所帮助d . japanica适应穷人营养洞穴环境。探索从洞穴昆虫肠道细菌的多样性和功能可以帮助理解物种适应在极端环境中。
材料和方法
样品收集
Diestrammena japanica收集从三个岩溶洞穴在荔波县,贵州,中国。洞穴中所示的位置补充表1。基于生境类别,在洞穴环境光强度,的存在d . japanica,欧元区分为区域(阳光直射的地区附近的洞穴的入口,入口的距离在10米),弱光区(过渡暮光之城区域入口的距离在10 - 30米),和黑暗的地区(深洞的区域完全黑暗和入口的距离超过50米),根据光线强度和距离洞口(斑鸠Pipan, 2019)。种d . japanica分别被抓并存储在无菌管−20°C,和样本随后转移到实验室在12 h。量化的个体大小d . japanica尺子,0.1毫米尺度是用来衡量特征特性,包括体长,后腿长,前腿长,腿的长度,宽度和头部,有24个人重复每个地区。最显著的差异(LSD)测试agricolae包(de Mendiburu 2014)是用来检查是否在这些形态特征有显著差异。
氨基酸的嗉囊效价测定Diestrammena japanica
十大新物种从每个光区域解剖解剖钳。包含从嗉囊食物存储中提取2毫升无菌瓶,然后储存在−80°C。一个氨基酸分析仪(Sykam S433 Furstenfeldbruck,德国)被用来评估食品中氨基酸的浓度。
DNA提取和16 s rRNA基因测序
ethanol-treated样本与足够的无菌水冲洗3次盘子。肠道是与其他组织和放置在一个无菌隔离管。总共15勇气从每个洞穴的阳光强度区域合并在一起作为一个生物复制。勇气是磨成粉用杵。避免在实验室从空气中微生物的污染,上述操作进行了生物安全柜。DNA提取使用DNeasy PowerSoil工具包(试剂盒、希尔登,德国)根据制造商的协议。DNA的质量和数量与BioTek时代2微型板块分光光度计测定(美国帕洛阿尔托安捷伦)。细菌V3-V4 16 s rRNA基因高变区放大了通用引物338 f (ACTCCTACGGGAGGCAGCAG)和806 r (GGACTACHVGGGTWTCTAAT)使用TransStart FastPfu DNA聚合酶(TransGen,北京)根据制造商的协议。每个样本都放大一式三份,然后所有的聚合酶链反应(PCR)产品2%琼脂糖凝胶电泳进行检查。优质PCR反应放大来自同一样本产品都汇集在一起,受到净化AxyPrep DNA凝胶萃取设备(Axygen生物科学,联盟城市、钙、美国)。 Purified products were quantified with QuantiFluorTM-ST (Promega, United States) following the manufacturer’s protocol. The paired-end libraries were synthesized with the TruSeqTM DNA Sample Prep Kit (Illumina, San Diego, CA, United States) following the manufacturer’s protocol. Sequencing was conducted with Illumina MiSeq platform sequencing technology with a maximum read length of 2 × 300 bp at Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd.
16 s rRNA基因测序数据的分析
生读的质量评估与FASTP(0.19.6版)(陈s . et al ., 2018)。高质量的阅读与Flash(1.2.11版)(组装Magoc扎尔茨贝格,2011)和分析QIIME(版本1.9.1)和Mothur(1.30.2版)(城堡et al ., 2009;Caporaso et al ., 2010;城堡,2020)。此外,细菌操作分类单元(辣子鸡)分组有97%相似席尔瓦(132年版)和绿色煤电(135年版)数据库与核糖体数据库项目分类器(2.11版)(DeSantis et al ., 2006;埃德加,2013;Quast et al ., 2013)。辣子鸡、20多个读取所有样本分布在三个样品(至少5读取每个样本)保留进行进一步分析。
肠道细菌社区的功能预测
肠道细菌的功能是预测搜索同源的集群组(齿轮)数据库的系统发育调查社区重建的未被注意的状态(PICRUSt) (Langille et al ., 2013)。这些分析使用Majorbio云平台。1克鲁斯卡尔-沃利斯检验被用于多个组比较。如果认为重要差异p值< 0.05。
分析肠道细菌的网络社区
比较结构和肠道细菌群落的生存模式d . japanica每个阳光强度,我们进行了细菌共生网络区域分开。每个共生网络是根据排名前50的相对丰度属发生在8门网络分析。只有在这些团体之间具有很强的相关性共生网络的可视化。因此,细菌相互作用只占显著相关性(p(< 0.01)的相关系数的绝对值r网络中> 0.8)。此外,我们计算边缘、连接性、集群系数、平均程度,并为每个同现网络模块化。我们还发现,在每个网络链接每个物种明显不同(p< 0.001)使用r2dtable空模型在随机网络。R中的所有相关的网络分析软件(R发展核心团队,2018年),使用包igraph(Csardi Nepusz, 2006),一式两份的(Dormann et al ., 2008),心理(雷维尔,雷夫尔,2015),statnet(Handcock et al ., 2008)。
统计分析
首先,LSD测试进行评估是否有显著差异的形态特征d . japanica阳光强度的三个地区之一。Mothur和R软件被用来构建稀疏曲线来确定测序深度(读取)足以捕捉大多数肠道细菌(城堡et al ., 2009;城堡,2020)。前35丰富属被用来生成一个与ggplot2热图(Ginestet 2011),克鲁斯卡尔-沃利斯测试用来测试35属的丰度的差异在三个地区。维恩图解,展出辣子鸡组间的重叠,生成与R包维恩图(陈和加利,2011年)。破译肠道细菌成分是否影响区域与不同的阳光强度区域,香农和Mothur辛普森多样性指数计算,然后成对Wilcox测试用来测试细菌多样性指数存在显著差异,与p值调整的错误发现率(fdr-adjusted)。随后,细菌群落的β多样性进行了比较通过ANOSIM和置换多元方差分析(PERMANOVA排列9999次,基于Bray-Curtis矩阵),分别。进行了分析通过MicrobiotaProcess (徐et al ., 2022)和纯素(Oksanen et al ., 20134.1.2)包R(版本)。2PERMANOVA测试发现,肠道细菌的成分没有显著差异在三个地区,然后我们测试了两组之间的差异(光地区作为一个群体,和弱区和暗区作为另一组);abund_jaccard矩阵(考虑到两个辣子鸡的可用性和丰富)是用于主成分分析(PCA),结合阿多尼斯分析(排列的9999倍)。
结果
形态适应的Diestrammena japanica
Diestrammena japanica分布在所有地区的洞穴,独立的光的强度。然而,LSD试验表明,物种从光区域明显大于这些微弱的亮区和暗区(图1一个和表1)。然而,物种从弱区和暗区没有显著不同的体型(表1)。
图1所示。肠道细菌动态不同的阳光强度区域中Diestrammena japanica。(一)形态学的d . japanica从不同的阳光强度区域。(B)稀疏曲线生成的随机抽样数据集与相同数量的16 s rRNA基因测序。(C)肠道细菌在门级的相对丰度。(D)相对丰度最高的35属肠道细菌丰度,颜色刻度显示细菌相对丰度(log10转换)。L,光区域;西城,弱光;D,黑暗的地区。这些标签是一样的其他数据。
表1。的形态特征Diestrammena japanica在不同的阳光强度区域(N= 24日单位:毫米)。
肠道细菌的测序概述Diestrammena japanica
测序进行共有9个样本三个不同的阳光强度地区三个洞穴。过滤后,高质量的阅读的数量和基地是388019年和172857092年,分别为(补充表2)。平均读取长度范围从442年到449年(补充表2)。读取/样本32208的最小数量。稀疏曲线验证测序的深度足以捕获大部分细菌物种(图1 b)。读取被聚集到245辣子鸡,共享> 97%序列标识(补充表3)。除了厚壁菌门,变形菌门、放线菌、蓝细菌,Tenericutes, Deinococcus-Thermus, Fusobacteria,衣原体,一个non-rank门被发现在肠道d . japanica(图1 c和补充表3)。
成分和阳光强度不同区域中肠道细菌的多样性Diestrammena japanica
厚壁菌门是最丰富的在所有样本,占60.87,70.79和60.18%的细菌群体的物种从光,弱光和黑暗的区域,分别(图1 c)。披衣菌占8.05 - -23.77%的细菌组成不同的阳光强度区域。变形菌门占总数的2.36 - -12.07%细菌序列,其中Rickettsiella,包括一个非保密OTU,变形菌门的最丰富的属。前两个属的放线菌棒状杆菌属和Enterorhabdus。
前35丰富属被用来生成的热图(图1 d)。乳酸菌是最丰富的属,占37.35,59.89和52.72%的细菌中发现的物种从光、弱光和黑暗的区域,分别(图1 d和补充表3)。在16个辣子鸡属于属乳酸菌,l . amylovorus和l . oligofermentans是最丰富的,占66.38 -85.46%和2.43 -10.41%的丰富的属乳酸菌。丰富的CandidatusRhabdochlamydia和棒状杆菌属范围从8.05 - 23.77%和1.43 - 11.20%,分别。
在前35属,Lactococcus(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0376),Weissella(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0358)和non-rank细菌(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0302)更丰富的物种从光比在那些地区弱亮区和暗区(图1 d),remailing细菌组没有显著不同光的三个地区之一。
此外,细菌群落的多样性分析显示,香农指数表现出以下规律:光(2.96)>弱光暗(1.19),(2.14)>和辛普森指数表现出相反的模式来香农指数(图2一个)。阳光强度之间的两种多样性指数没有显著不同的区域(所有fdr-adjustedp成对Wilcox测试的值大于0.05,补充表4)。
图2。肠道细菌群落动态不同的阳光强度区域中d . japanica。(一)社区的香农多样性指数和辛普森指数。(B)从不同的阳光强度区域重叠的辣子鸡。(C)主成分分析显示肠道细菌集群分成两组根据光的优点,基于阿多尼斯的测试结果(R= 0.3457,p= 0.049);不同的颜色显示不同群体的边界95%置信椭圆。红色代表物种从弱的亮区和暗区。
肠道细菌的组成相似不同阳光强度之间的地区Diestrammena japanica
239、230和242个辣子鸡,分别检测物种从光,弱光和黑暗的区域(图2 b)。维恩图解分析显示,从三个地区221种辣子鸡是共享的。物种从黑暗的和弱光区域共享六个辣子鸡,虽然从光地区物种与物种分享三个和15个辣子鸡从疲软的亮区和暗区,分别为(图2 b)。在细菌物种水平,三个阳光强度区域样本显示一致的模式(在细菌成分无显著差异)从ANOSIM(统计R= 0.004,p= 0.43)。然而,PERMANOVA测试发现细菌社区没有重大变化在三个阳光强度区域(补充表5,PERMANOVA Pseudo-F = 1.39,R2= 0.32,p= 0.13)。有趣的是,与abund_jaccard PCA分析矩阵表明,细菌群落的物种从弱亮区和暗区是集群作为一个群体,和其余物种从光地区集群作为另一组(阿多尼斯测试,R= 0.3457,p= 0.049;前两个坐标轴解释总变异的43.60%)(图2 c)。
肠道细菌的共生网络分析不同的阳光强度的地区Diestrammena japanica
同现网络分析是推出互动和肠道细菌群落的结构。与肠道细菌物种从光地区(边:138),肠道细菌之间的相互作用在弱光和暗的物种地区(优势:363年和385年分别)更复杂(图3和表2)。此外,我们注意到,网络只包括良性互动(灰色线)在黑暗中;网络从233年的弱光由正面边缘和130年的负面边缘(红线)。然而,有83积极互动和55负面的互动社区在肠道细菌的光。此外,网络的连接性和平均度强调黑暗的模式>弱光>,而模块化表现出相反的模式(光>弱光>暗)。
图3。同现的肠道细菌社区网络分析d . japanica。节点的大小代表了相对丰富。良性互动,灰线;负作用,红线。
表2。同现网络参数不同的阳光强度区域。
函数的预测肠道细菌在不同的阳光强度地区Diestrammena japanica
PICRUSt预测进行了揭示肠道细菌社区的作用d . japanica。结果发现,34.96%的肠道细菌参与宿主的营养功能。具体来说,8.40,8.21,5.90,5.26,4.04,和3.15%的细菌,分别参与氨基酸运输和代谢,碳水化合物的运输和代谢,无机离子运输和代谢,能源生产和转换,核苷酸运输和代谢,脂质运输和代谢(图4)。此外,2.52%的肠道微生物与防御。
图4。相对丰富的肠道细菌功能分类,推断出从PICRUSt分析预测。
与此同时,一些参与甲硫氨酸生物合成途径,包括L-methionine生物合成我(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0107)和第三L-methionine生物合成(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0107)更丰富的物种从光比在那些地区弱亮区和暗区(图5一个)。氨基酸的浓度含量food-storing嗉囊d . japanica进一步调查。天冬氨酸的浓度(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0250)和蛋氨酸(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,df= 2,p= 0.0500)的物种从光地区低于那些微弱的亮区和暗区(图5 b)。此外,氨基酸生物合成我(r=−0.8605,p= 0.0061)和3 (r=−0.8388,p= 0.0092)通路肠道细菌的食品中蛋氨酸含量呈负相关。
图5。大量的代谢途径(一)和效价的氨基酸(B),这三个字母代表不同的氨基酸,一般氨基酸代码列表后,颜色刻度指示代谢途径和氨基酸的含量。
讨论
多样化的肠道细菌可能参与昆虫的许多生理过程,造成宿主昆虫的适应环境。在这项研究中,肠道细菌的特点d . japanica在岩溶洞穴是由16 s rRNA基因测序。肠道细菌的组成和多样性指数d . japanica没有表现出收敛模式受到阳光强度地区洞穴。然而,细菌群体可以提供多样化的功能d . japanica不同的地区优势。此外,肠道细菌可能角色的营养代谢过程(氨基酸和碳水化合物)和形态适应的d . japanica在岩溶洞穴里。总之,这项研究有助于进步了解昆虫的肠道细菌的角色适应的营养物和黑暗的洞穴环境。
肠道细菌的总体特征Diestrammena japanica
相比黑腹果蝇(139辣子鸡),xylophagous长角甲虫(平均103辣子鸡),家蚕(90辣子鸡),和一些野生蚊子辣子鸡(5 - 71)(钱德勒et al ., 2011;恩格尔et al ., 2012;陈b . et al ., 2018;赵et al ., 2019),d . japanica港口更加多样化的肠道细菌组成。每一个d . japanica样本不同的阳光强度区域发现了超过200个辣子鸡,覆盖八个细菌类群。
寄主昆虫的饮食可以影响肠道细菌组成(科尔曼et al ., 2012;Paoletti et al ., 2013;Yun et al ., 2014)。是一种杂食性昆虫与复杂的食物结构,d . japanica访问不同的食物结构根据不同的阳光强度区域。例如,光地区物种消耗更多的苔藓和蕨类植物,而在弱光和黑暗的区域以动物尸体为食和真菌(李,2007)。先前的报道表明饮食结构的复杂性之间的正相关和肠道细菌的多样性(郑et al ., 2021)。因此,它并不出人意料,多观察细菌类群在肠道的栖息地d . japanica比其他昆虫类群前面所提到的,因为他们有助于分解不同的食物资源。
一般来说,厚壁菌门和变形菌门的知名团体在昆虫肠道细菌(Yun et al ., 2014;陈et al ., 2016;Vilanova et al ., 2016;范Schooten et al ., 2018)。类似于d . japanica本研究,肠道细菌的社区Epicauta longicollis,Megetra cancellata,Bactrocera背的是由厚壁菌门(科尔曼et al ., 2012;Andongma et al ., 2015)。然而,在肠道某些物种的栖息地,如家蚕和Chrysoperla中央研究院,变形菌门的门(陈b . et al ., 2018;赵et al ., 2019)。符合早期报告58昆虫类群的肠道细菌群落(科尔曼et al ., 2012),这些结果表明,肠道细菌的主要门在不同昆虫类群。
的形态适应Diestrammena japanica洞穴环境
适应洞穴环境,洞穴动物往往是小身体的大小。氧浓度之间有很强的正相关和昆虫体型。例如,缺氧的昆虫表现出较小的(哈里森et al ., 2010)。的身体大小d . japanica在山洞里地区(弱的亮区和暗区)显著低于区域。此外,物种的d . japanica在山洞里消耗动物粪便李,2007),这意味着更多的病原体可以通过食物资源介绍(Busvine 1980;哈桑et al ., 2021)。这是符合大量的高致病性披衣菌(CandidatusRhabdochlamydia porcellionis)的肠道细菌d . japanica在黑暗中区域(Busvine 1980;哈桑et al ., 2021),它可能会损害宿主昆虫的消化系统(Kostanjsek Pirc Marolt, 2015)。因此,我们推断,小身体的大小d . japanica相关病原体的存在和低氧浓度在洞穴里面。
肠道细菌的贡献洞穴改编的Diestrammena japanica
厚壁菌门的突出组肠道细菌d . japanica,他们可能发挥重要作用在食物消化和能量代谢的主机(陈et al ., 2016),例如,梭状芽胞杆菌thermocellum和c . ljungdahlii可以降解纤维素和半纤维素(Fonknechten et al ., 2010)。肠球菌有能力调节肠道环境的酸碱度,从而提高主机传闻抵抗毒素从食品(威尔逊和Benoit, 1993年;夏et al ., 2018)。乳酸菌amylovorus和l . oligofermentans普遍在我们的结果,前者表现出蛋白水解活性和乳糖代谢能力,生产乳酸和碳水化合物同化(Mok et al ., 2002;Hynonen et al ., 2014;Cardarelli et al ., 2016),后者参与发酵木糖的核糖和己糖(Andreevskaya et al ., 2016)。因此,我们有理由相信高丰富的硬壁菌门菌在肠道细菌可能供应d . japanica与营养基质通过参与能量吸收的过程。
昆虫失去了独立的能力合成必需氨基酸在他们的进化历史,暗示他们依赖于肠道细菌或饮食应用这些氨基酸和营养(丧心病狂的et al ., 2009;烹调的菜肴et al ., 2015)。例如,表明人工饮食治疗攻击glabripennis(鞘翅目:天牛)幼虫依靠肠道细菌为必需氨基酸(Ayayee et al ., 2016)。Duplais等人表明,肠道细菌参与的表皮形成龟蚂蚁Duplais et al。(2021)。在这种情况下,PICRUSt分析发现,肠道细菌d . japanica有能力参与各种氨基酸生物合成和营养功能。一般来说,食草昆虫相比,包罗万象d . japanica使用摩丝、动物尸体、真菌(李,2007),这意味着他们需要一个更加多样化的肠道微生物群分解食物(Yun et al ., 2014;Salcedo-Porras et al ., 2020)。
此外,在肠道细菌群落的物种从洞穴的栖息地(弱的亮区和暗区)、更高价值的连接性和平均为代表的模块化程度却降低值,每组有更多的与其他物种和更少的比光区域(子组木头et al ., 2017)。这也是大量的积极支持的链接在肠道细菌的社区d . japanica,表现出大量的合作互动,降低底物运输的效率。肠道细菌丰度低的氨基酸生物合成途径和更多的剩余嗉囊的氨基酸d . japanica表明,物种在洞穴生境较低的代谢率比光地区洞穴的栖息地。减少能源消耗的速度,昆虫展示活动,和流动趋向于低洞穴比外面洞穴环境(霍沃斯和摩尔多瓦,2018),它是昆虫的洞穴生境的适应食物和氮营养不足的(巴顿和Jurado, 2007年;白色和斑鸠,2011年)。
本研究从每个光聚合15个人勇气地区每个洞穴作为样本,这有可能减少的物种数量在社区倾斜的构图和促进细菌成分的融合模式和网络结构。细菌宏基因组数据的社区相比,16 s rRNA基因数据可以提供一个有偏见的相似的细菌社区样本(Ellegaard et al ., 2020)。此外,相同的环境作为过滤因子可能导致一个收敛的共生网络模式(Freilich et al ., 2018)。因此,微生物分析更多的复制功能提供更清晰的模式预测昆虫的肠道细菌适应洞穴环境。此外,超过40%的肠道细菌可能参与营养传输和转换、脂质代谢、能量代谢和氨基酸的运输过程d . japanica,发现PICRUSt分析。值得注意的是,这些数据并不表明相关的肠道微生物d . japanica确实执行各种重要的代谢过程,这需要进一步实验研究证明。然而,肠道细菌的社区的特点d . japanica显示在这项研究提供一个基础探索角色的肠道细菌在宿主适应洞穴里。
数据可用性声明
在这项研究中提出的数据集可以在网上找到存储库。库的名称/存储库和加入号码可以找到(s)如下:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.20522079.v1。
作者的贡献
码和QC:概念化、数据管理和编写初稿。ZF:可视化和调查。QWu:正式的分析和验证。LX和XN:数据管理和软件。QL:方法和可视化。LT:概念化和审查。QWe:审查、监督和资金收购。所有作者的文章和批准提交的版本。
资金
这项工作得到了国家自然科学基金会的共同基金和贵州省岩溶科学研究中心(U1812401),以及省级项目平台和人才开发贵州科技部门的中国(批准号。[2019]5617 [2019]5655 [2017]5726 - 21)。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
补充材料
本文的补充材料在网上可以找到:https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.1016608/full补充材料
补充表1 |样品详细信息的位置。
补充表2 |统计信息的16 s rRNA基因测序。
补充表3 |辣子鸡表基于序列相似性为97%。
补充表4 |α多样性的成对Wilcox测试指标的肠道细菌社区。
补充表5 |汇总表的PERMANOVA测试细菌成分在三个阳光强度区域。
脚注
引用
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关键字:昆虫肠道微生物群,适应,洞穴,16 s rRNA基因测序,光强度、氨基酸代谢
引用:吴董Y,陈问,方舟子Z, Q,湘L,牛X,刘问,谭L和翁问(2022)肠道细菌反映了改编的Diestrammena japanica(直翅目:Rhaphidophoridae)洞穴。前面。Microbiol。13:1016608。doi: 10.3389 / fmicb.2022.1016608
收到:2022年8月11日;接受:2022年11月18日;
发表:2022年12月21日。
编辑:
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