TY -的盟Serite科妮p . AU - Emami-Khoyi Arsalan盟——Ntshudisane Ofentse k . AU -詹姆斯,尼古拉·c . AU -詹森的克里斯蒂安•范维伦Bettine盟——Bodill Taryn AU -考利保罗·d . AU - Whitfield艾伦·k . AU -泰斯科,Peter r . PY - 2023 M3 -原始研究TI -埃德娜metabarcoding vs宏基因组:评估膳食竞争两个河口尖嘴鱼乔-海洋科学前沿UR - //www.thespel.com/articles/10.3389/fmars.2023.1116741六世- 10 SN - 2296 - 7745 N2 -了解濒危物种的饮食偏好可能是有用的在实施保护策略,包括栖息地的雷竞技rebat恢复、易位和人工繁殖。从粪便环境DNA(埃德娜)提供了一个非侵入性的方法,分析动物的饮食。目前,metabarcoding, pcr方法,是首选的方法分析这些数据。然而,这种方法有一定的局限性,特别是PCR偏差,从而导致高估某些类群的重要性和失败检测其他类群,因为他们不放大。与宏基因组相比,本研究metabarcoding, PCR-free方法,评估猎物的多样性项目濒危南非河口尖嘴鱼的粪便,Syngnathus watermeyeri,及其广泛分布的同类美国temminckii调查潜在的食物竞争。metabarcoding结果显示明显的差异的饮食watermeyeri和s . temminckii,前者主要消费calanoid桡足类,后者喜欢caridean虾。在每种情况下,一个单一的物种占据metabarcoding生成的序列。宏基因组产生更多物种识别,尽管这一趋势被发现的偏好美国watermeyeri桡足类和s temminckii虾,这种方法确定另外,虽然不明,桡足动物物种是重要的美国watermeyeri饮食中。我们得出结论,较低的物种数量确定使用metabarcoding很可能放大的结果偏差,导致关键桡足动物物种饮食缺少分析。这些发现表明,宏基因组分子饮食不仅是一个有用的补充方法分析,但可能在某些情况下比metabarcoding。 However, metagenomics is even more strongly affected by the lack of reference sequences than is metabarcoding, as the majority of sequences originate from genomic regions that have not yet been sequenced for the putative prey species in question. ER -