% Serite,科妮P % Emami-Khoyi, Arsalan % Ntshudisane, Ofentse James K . %,尼古拉·C . %詹森的克里斯蒂安•范维伦Bettine % Bodill, Taryn %一个考利维特菲德保罗D . %,艾伦·K . %泰斯科,Peter R . % D J海洋科学前沿2023% % C % F % G英语% K DNA条码技术,环境D雷竞技rebatNA(埃德娜),粪便DNA,饮食分析、濒危物种% Q % 10.3389 R / fmars.2023.1116741 % P W M % L % % % 7% 8 2023 - 6月- 12 % 9原始研究% +彼得·R·泰斯科生态基因组学和野生动物研究中心,动物学,南非约翰内斯堡大学pteske101@gmail.com % # % !埃德娜metabarcoding与宏基因组% * % < % T埃德娜metabarcoding vs宏基因组:评估膳食竞争两个河口尖嘴鱼% U //www.thespel.com/articles/10.3389/fmars.2023.1116741 % V 10% 0期刊文章% @ 2296 - 雷竞技rebat7745 % X了解濒危物种的饮食偏好可能是有用的在实施保护策略,包括栖息地的恢复、易位,和人工繁殖。从粪便环境DNA(埃德娜)提供了一个非侵入性的方法,分析动物的饮食。目前,metabarcoding, pcr方法,是首选的方法分析这些数据。然而,这种方法有一定的局限性,特别是PCR偏差,从而导致高估某些类群的重要性和失败检测其他类群,因为他们不放大。与宏基因组相比,本研究metabarcoding, PCR-free方法,评估猎物的多样性项目濒危南非河口尖嘴鱼的粪便,Syngnathus watermeyeri,及其广泛分布的同类美国temminckii调查潜在的食物竞争。metabarcoding结果显示明显的差异的饮食watermeyeri和s . temminckii,前者主要消费calanoid桡足类,后者喜欢caridean虾。在每种情况下,一个单一的物种占据metabarcoding生成的序列。宏基因组产生更多物种识别,尽管这一趋势被发现的偏好美国watermeyeri桡足类和s temminckii虾,这种方法确定另外,虽然不明,桡足动物物种是重要的美国watermeyeri饮食中。我们得出结论,较低的物种数量确定使用metabarcoding很可能放大的结果偏差,导致关键桡足动物物种饮食缺少分析。 These findings suggest that metagenomics is not only a useful complementary method for molecular dietary analysis, but may in some cases outperform metabarcoding. However, metagenomics is even more strongly affected by the lack of reference sequences than is metabarcoding, as the majority of sequences originate from genomic regions that have not yet been sequenced for the putative prey species in question.