Halorarius litoreus11月,将军sp. 11月。Halorarius halobiussp. 11月。Haloglomus halophilumsp. 11月。Haloglomus salinumsp. 11月,Natronomonas滨sp. 11月,极端嗜盐古生菌与潮滩和海洋太阳能盐
Ya-Ping太阳__,
静侯
Heng-Lin崔- 食品与生物工程学院、江苏大学、中国镇江
5小说嗜盐古细菌菌株,命名BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T从沿海盐沉积物,被孤立的潮间带位于青岛和黄花海洋的天然海盐生产太阳能盐场,PRChina。这五个菌株haloarchaea的典型形态和生长特性。16 s rRNA基因的比较表明,应变BDN22T与Salinirubellus salinusZS-35-S2TZY10相似(95.2%),压力T有关Halosegnis rubeusF17-44T菌株ZY41相似(95.1%)T和ZY58T是密切相关的Haloglomus irregulareF16-60T(分别为98.1%和98.2%的相似之处),应变ZY43T接近Natronomonas盐沼YPL13T(相似度98.0%)。除了16 s rRNA基因rpoB′基因无疑是另一个重要的分子标记的鉴定嗜盐古菌和concatenated-conserved-protein发展史是近年来广泛应用于古细菌分类。系统发育和phylogenomic分析基础上rpoB′基因和122连接古细菌蛋白质基因显示这些haloarchaea构造三个不同的演化支,与当前的成员聚集在一起Haloarculaceae。菌株BND22T和ZY10T形成了两个截然不同的演化支分开Salinirubellus salinusZS-35-S2T和Halosegnis成员,菌株ZY41T和ZY58T集群与Haloglomus irregulareF16-60T,应变ZY43T聚集与当前的成员Natronomonas。ANI, DDH和AAI值这五个菌株的系统发育的邻居都不超过91%,45%,和92%,分别远低于截止值物种界定,支持他们的位置在新分类群。基于表型,chemotaxonomic、系统发育和phylogenomic属性,这些五株代表五个家庭的小说分类单元Haloarculaceae,Halorarius litoreus11月,将军sp. 11月(应变BND22类型T= CGMCC 1.18780TJCM 34966 =T),Halorarius halobiussp. 11月(应变ZY10类型T= CGMCC 1.17475TJCM 34319 =T),Haloglomus halophilumsp. 11月(应变ZY41类型T= CGMCC 1.17030TJCM 34161 =T),Haloglomus salinumsp. 11月(应变ZY58类型T= CGMCC 1.17216TJCM 34163 =T),Natronomonas滨sp. 11月(应变ZY43类型T= CGMCC 1.17202TJCM 34162 =T)。这是第一次报告的描述小说haloarchaeon孤立从海洋潮间带。
介绍
嗜盐古生菌的类Halobacteria,属于门Euryarchaeota的域古生菌,在不同的高盐度的栖息地,包括盐湖、船用太阳能盐场,咸褐藻和粗海盐(崔和Dyall-Smith, 2021;汉和崔,2020;王et al ., 2022)。目前,有73属,318种有效发布类中指定名称Halobacteria(原核的名单站在命名法,https://lpsn.dsmz.de/class/halobacteria)。这些Halobacteria从海洋潮间带成员被隔离。在前面的调查沿海海滩位于山东的嗜盐古细菌多样性和粗海盐生产从河北沿海太阳能盐场,5小说嗜盐古细菌菌株被分离和纯化。菌株BND22T和ZY10T是彼此相关的,那么Salinirubellus salinusZS-35-S2T和Halosegnis成员,菌株ZY41T和ZY58T接近Haloglomus irregulareF16-60T,应变ZY43T被发现属的成员吗Natronomonas根据16 s rRNA基因的比较。
的属Haloglomus,Halosegnis,Natronomonas,Salinirubellus四个phylogenetically-related组在点菜了吗Halobacteriales。属HaloglomusDuran-Viseras于2020年成立,只包含一个物种Haloglomus irregulareF16-60T是培养的盐水Isla克里斯蒂娜盐场,马德里竞技、西班牙(Duran-Viseras et al ., 2020 a)。并根据菌株Halosegnis长F12-1T和Halosegnis rubeusF17-44T,属Halosegnis描述了在2021年(Duran-Viseras et al ., 2021)。作为一种最古老、最著名的嗜盐古细菌属Natronomonas成立于1997年,目前有六种:Natronomonas pharaonis(Kamekura et al ., 1997),Natronomonas moolapensis(伯恩斯et al ., 2010),Natronomonas gomsonensis(金正日et al ., 2013),Natronomonas salsuginis(Duran-Viseras et al ., 2020 b),Natronomonas halophila和Natronomonas盐沼(阴et al ., 2020)。属Salinirubellus提出了与上述三个属基于应变孤立的海洋沉积物样品的太阳能浙江盐场,PRChina (侯et al ., 2018)。这些嗜盐古生菌不能水解淀粉、明胶、酪蛋白,80年渐变,但可以利用单糖进行有氧增长。极地血脂水平的多样化,的成员Halosegnis,Haloglomus,Natronomonas含有硫酸phosphatidylglycerol(后卫)但这的Salinirubellus没有,Halosegnis成员包含S-TGD-1(硫酸半乳糖mannosyl glucosyl二醚)除了S-DGD-1(硫酸mannosyl glucosyl二醚),这四个属的共同醣脂类。在这项研究中,两种小说的新属,和三个小说属的物种Haloglomus和Natronomonas在家庭中Haloarculaceae提出了适应株BND22吗T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T,分别。
材料和方法
培养和隔离纯haloarchaeal文化
应变BND22T从沿海盐碱耕地土壤样本的潮间带位于青岛,PRChina (36°12′36“N, 120°22′10“E;2019年海拔0米)。pH值、盐浓度和盐渍土的有机质含量分别为7.9,5.3克/公斤,分别和1.3克/公斤。菌株ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T分离得到的天然海盐生产从河北黄花船用太阳能盐场,PRChina, 2018年。这些样本稀释液体NHM NHM平皿上传播,耗氧孵化37°C 30天(太阳et al ., 2022)。单一的殖民地和选择一种红色条纹新鲜NHM琼脂偏,和纯粹的殖民地形成后三次重复。为进一步使用,纯化菌株保存在液体NHM 15% (w / v)甘油在-20°C。Halobacterium salinarumCGMCC 1.2367,Haloglomus irregulareJCM 33318T,Halosegnis长JCM 33319T,Natronomonas gomsonensisKCTC 4088T,Natronomonas halophila人私下偷偷收藏盒式T,Natronomonas盐沼YPL13T,Salinirubellus salinusZS-35-S2T被用作参考菌株和常规种植的耗氧在NHM液体介质。
系统发育分析
BND22菌株的基因组DNAT,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T准备使用细菌的DNA提取试剂盒(江苏Cowin生物技术有限公司)。16 s rRNA的PCR扩增基因和rpoB′(RNA聚合酶亚基B′)的基因是由两对引物,20 r f (5“-ATTCCGGTTGATCCTGCCGG-3”)和1452年(5 ' -AGGAGGTGATCCAGCCGCAG-3 '),分别和HrpoB2 1420 f和HrpoA 153 r (崔et al ., 2009;象美吉诗et al ., 2010)。纯化PCR扩增子的顺序是由SinoGenoMax(北京)。16 s rRNArpoB′相关物种的基因Haloarculaceae从NCBI数据库下载。系统发育树构建了大型6 (田村et al ., 2013基于三种不同的算法,毫升(最大似然)(Felsenstein, 1981),议员(maximum-parsimony) (惠誉,1971)和新泽西(neighbor-joining) (斋藤和Nei, 1987年)。16 s rRNA的计算两两序列的相似性rpoB′不同菌株之间基因BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T和相关的物种是由使用EzBioCloud在线两两序列比对工具(Yoon et al ., 2017)。
基因组组装、注释和比较基因组学
PacBio续集平台被用来这五个菌株的完整基因组序列。CheckM是利用基因组序列组装的质量评估(公园et al ., 2015)。122守恒的古细菌蛋白质标记基因从孤立的五株的基因组提取和相关的嗜盐古生菌GTDB phylogenomic分析根据协议(公园et al ., 2018)。这些核心直系同源基因的序列被trimAL对齐使用GTDB-Tk和修剪版本1.4.1 (Capella-Gutierrez et al ., 2009;Chaumeil et al ., 2019)。毫升phylogenomic树被IQ-TREE构建基于标准模型(阮et al ., 2015),Natronobacterium gregoryiSP2T被选为外围集团。
这些基因组的注释是由拉斯特的注释切断(阿齐兹et al ., 2008)。代谢途径的发现基于KEGG数据库(Kanehisa et al ., 2004)。探索这些嗜盐古生菌的工业应用,功能基因的生物技术的潜力被确认后,前面描述的方法(太阳et al ., 2022)。在线OrthoVenn被用来比较相关物种的同源集群(OCs)和生成维恩图(徐et al ., 2019)。
整个基因组的索引,ANI(平均核苷酸的身份),DDH (dna dna杂交),和AAI BND22菌株之间(平均氨基酸的身份)T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T,和相关的成员被估计使用JSpeciesWS在线ANI计算器(https://jspecies.ribohost.com/jspeciesws/)(里希特et al ., 2016),Genome-to-Genome距离计算器3.0(公式2)(http://ggdc.dsmz.de/ggdc.php)(Meier-Kolthoff et al ., 2013)和AAI计算器(http://enve-omics.ce.gatech.edu/aai/)(罗et al ., 2014),分别。
表型特征
镜检,这五个分离株生长在液体NHM 7 - 10天。这些细胞的haloarchaea相差显微镜下观察(Eclipse Ci-L,尼康)。革兰氏染色法是根据一种改进技术由Dussault (Dussault 1955)。殖民地的色素是检查NHM平皿上有氧孵化后10 - 15天在37°C。氯化钠和MgCl的范围2浓度、温度、pH值增长确定前面描述的方法(太阳et al ., 2022)。剩下的五个隔离的表型特征和相关成员的描述是基于最小标准嗜盐古细菌新分类群(奥伦et al ., 1997)。每个测试进行了一式三份。
Chemotaxonomic表征
极性脂质BND22菌株T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T用氯仿和甲醇的混合物提取,然后沉淀后冷丙酮浓度的十卷。分离嗜盐古生菌的极性脂质资料分析了一维、二维薄层色谱法(TLC) (崔et al ., 2010)。磷酸染色试剂准备检测磷脂(Vaskovsky Kostetsk, 1968)。糖脂和磷脂被硫酸acid-ethanol (1:2, v / v)随后在150°C加热3分钟。这些嗜盐古生菌的极性脂类的特点是MALDI-TOF /女士(鑫et al ., 2022)。
结果与讨论
系统发育分析
菌株BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T都有16 s rRNA基因的一个副本(1467个基点,1467个基点,1472个基点,1472个基点,和1466个基点,分别)。这些序列是相同的相同的基因的基因组。基于16 s rRNA基因相似,菌株BND22的近亲T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T是Salinirubellus salinusZS-35-S2T(95.2%),Halosegnis rubeusF17-44T(95.1%),Haloglomus irregulareF16-60T(98.1%),Haloglomus irregulareF16-60T(98.2%),Natronomonas盐沼YPL13T(98.0%),分别为(表S1)。除了基因相似性ZY41菌株的99.6%T和ZY58T,这些菌株BND22之一T,ZY10T,ZY43T92.9 - -96.8%,不到98.65%,分离不同的古细菌或细菌物种(建议阈值金正日et al ., 2014)。16 s rRNA基因发展史表明,菌株BND22T和ZY10T形成了两个截然不同的演化支分开Salinirubellus salinusZS-35-S2T和Halosegnis成员,菌株ZY41T和ZY58T集群与Haloglomus irregulareF16-60T,应变ZY43T聚集与当前的成员Natronomonas(图1一个)。
图1毫升系谱树重建基于16 s rRNA序列的基因(一),rpoB′基因序列(B)和122年守恒的古细菌蛋白质标记基因(C),显示BND22菌株之间的关系T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T和相关的物种在Haloarculaceae。数字1000节点代表引导值复制引导和支持≥70%。满圆突出neighbour-joining支持的分支,最大似然和maximum-parsimony算法。空圈突出分支所支持的最大似然和maximum-parsimony算法或最大似然和neighbour-joining算法。酒吧代表预计每核苷酸替换的位置。
完整的长度rpoB′基因菌株BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T1827个基点。这五个菌株的基因相似性分别为84.9 -95.2%,和他们分享81.1 - -91.7%序列相似性与相关家族的成员Haloarculaceae(表S2)。菌株BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,和ZY43T共享的最大序列相似性萨拉研究所CBA1133T(88.3%),Halosegnis长F12-1T(89.4%),Haloglomus irregulareF16-60T(91.4%),Haloglomus irregulareF16-60T(91.6%),Natronomonas盐沼YPL13T分别为(91.7%)。的rpoB”基因发展史表明,菌株BND22T和ZY10T聚集在一起,分开的属Halosegnis,菌株ZY41T和ZY58T形成一个单源分支紧密聚集Haloglomus irregulareF16-60T、应变ZY43T是近亲吗Natronomonas盐沼YPL13T在Natronomonas(图1 b)。
基因功能和生物技术的潜力
完整的BND22菌株的基因组T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T是新创聚集在总共2、5、3、1和2叠连群,分别。新品种的完整基因组大小范围从4.0到4.4 Mb,内部的电流Haloarculaceae成员(2.6 - -5.1 Mb)。这五个菌株有核糖体RNA基因操纵子,有不同的数字(47岁,47岁,45岁,43岁,48岁,分别)的tRNA基因。菌株的DNA G + C含量BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T66.6%、66.8%、67.9%、68.5%和66.9%,分别为(表S3)。这些值高于Halosegnis(64.7 - -66.0摩尔%)和成员Haloglomus(68.0摩尔%),属的范围之内Natronomonas(63.2 - -67.4摩尔%),不到的Salinirubellus salinusZS-35-S2T(69.0摩尔%)。其他详细的基因特性表S3。
基于122毫升phylogenomic树连接表明应变BND22古细菌蛋白基因T收集与ZY10T和清楚地分开Halosegnis和萨拉,菌株ZY41T和ZY58T形成了一个紧密的进化枝Haloglomus irregulareF16-60T,应变ZY43T与当前紧密聚集Natronomonas成员(图1 c)。
ANI, AAI公司,其中5株,DDH值Haloarculaceae成员70 - 91%,56 - 92%和18 - 45% (表S4- - - - - -S6),显著低于截止值,95 - 96% (ANI), 95% (AAI)和70% (DDH),对于物种界定(戈里et al ., 2007;里希特和Rossello-Mora, 2009;罗et al ., 2014)。这表明菌株BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T代表了五种不同的物种。AAI的值已被证明是有用的属划分和截止值(≤76%),提出了区分属内的家庭Natrialbaceae(de la傻瓜et al ., 2021);但在当前分组不当使用Haloarculaceae成员。如果截止值被用于单独的家庭内的属Haloarculaceae,目前的六Natronomonas物种应该代表六种不同的属(表S6)。截止值< 69%是适当的区分属内Haloarculaceae根据AAI值和当前这个家庭的成员之间的进化关系。因此,菌株BND22T和ZY10T代表两种小说的新属,菌株ZY41T和ZY58T两个不同种类的小说Haloglomus,应变ZY43T一种新的Natronomonas基于AAI截止(< 69%)。
必须指出ANI, AAI和DDH值之间Halosegnis长F12-1T和萨拉研究所CBA1133T描述最近是99%、94%和98%,远远超过物种边界的阈值。这种密切的亲缘16 s rRNA的支持下,rpoB”,122守恒的古细菌蛋白质标记基因之间的发展史Halosegnis长F12-1T和萨拉研究所CBA1133T(图1)。根据这些结果萨拉研究所(歌et al ., 2022)应该提出后的异形的同义词Halosegnis长(Duran-Viseras et al ., 2021)。
小说的子系统类别分布隔离被拉斯特服务器(注释图S1)。氨基酸和衍生品,碳水化合物和蛋白质代谢是这五个隔离的最富有的拉斯特子系统,来显示他们的可能性代谢不同的蛋白质和碳水化合物。基于KEGG数据库,BND22菌株T和ZY58T,ZY41T和ZY43T包含的基因参与糖酵解和丙酮酸氧化途径,分别对应于他们的能力利用葡萄糖和丙酮酸的增长。相比之下,相关基因果糖利用率、酪蛋白、淀粉、或渐变80水解没有发现在所有这些菌株,经表型测试的结果。此外,所有的四个关键酶参与完成脱氮,娜戈(硝酸还原酶),NirK(铜的亚硝酸盐还原酶),也没有(一氧化氮还原酶)和Nos(一氧化二氮还原酶)被发现在这五个菌株的基因组,这证实了他们无法产生硝酸氮增长与厌氧。
共有3788个同源集群,566核心集群,3077副集群,145独特的集群是BND22菌株的基因组中发现的T,ZY10T,Salinirubellus salinusZS-35-S2T,Halosegnis长F12-1T,Halosegnis rubeusF17-44T。的隔离BND22T和ZY10T包含62和61独特的集群,而相关成员仅包含9,9和4独特的集群,分别为(图S2A)。菌株ZY41T,ZY58T,Haloglomus irregulareF16-60T有3850,其中包括2427核心商务,1320副OCs和103独特的集群,并包含22日13日和68独特的集群,分别为(图开通)。应变ZY43T,Natronomonas moolapensis8.8.11T,Natronomonas pharaonisDSM 2160T,Natronomonas盐沼YPL13T和Natronomonas salsuginisf20 - 122T集群有3472,其中包括1427核心商务,1851副OCs和194独特的集群。这些菌株含有63,24岁,16日,70年和21独特的集群,分别为(图S2C)。共享的模式和独特的商务分化这些小说菌株从他们的亲属。
许多以前的研究报道,haloarchaea可生产出有价值的产品的生物技术方面,如haloenzymes,细菌视紫红质,可生物降解polyhydroxyalkanoates (pha)和类胡萝卜素(汉et al ., 2010;Amoozegar et al ., 2017;Ashwini et al ., 2017;塞拉诺et al ., 2022)。菌株ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T拥有细菌视紫红质蛋白基因,来显示他们的light-mediated ATP合成能力。应变BND22T包含PHA合成调控蛋白质的基因簇编码(PhaR), PHA粒结合蛋白(PhaP)和类型iii a PHA合成酶(阶段和PhaC子单元),和应变ZY41T含有乙酰乙酰基辅酶a还原酶的基因簇编码(伤健),PhaC、阶段和PhaR (图S3),表示可能合成pha的新的隔离。此外,基因编码的酶参与生产β-carotene、八氢番茄红素合成酶(CrtB),茄红素desaturase (CrtI)和番茄红素环化酶(CrtY)菌株ZY41检测T和ZY58T(塞拉诺et al ., 2022)。此外,一个β-carotene单氧酶(Brp)发现附近的crtY基因,表明应变ZY41的可能性T从β-carotene产生视网膜(图S4)。这些结果表明,这些小说嗜盐古细菌菌株在生物技术的应用中有很大的潜力。
表型特征
菌株的细胞BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T是运动型和Gram-stain-negative。除了菌株BND22T和ZY58T多形性,而其他株球菌样的(图S5)。所有菌株的菌落是红色及其细胞细胞溶解在蒸馏水。BND22菌株的生长T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T发生在NHM氯化钠浓度为1.7 -4.8米,3.1 - -5.1米,2.1 - -4.8米,2.6 - -4.3米,-4.8和2.1 M,分别;五株生长最好在3.1 - -4.8 M氯化钠。最优镁浓度变化在0.05和0.7之间,即使镁不是经济增长的必要条件。这五个菌株的生长温度范围20-55°C, 30 - 50°C, 25-60°C, 25-55°C,和30 - 60°C,分别与最适条件35 - 40°C。这五个菌株主要是中性与pH值在6.5 - -7.5最适条件。这些菌株不能生长与精氨酸或DMSO厌氧。减少硝酸盐,亚硝酸盐在BND22菌株被发现T,ZY10T,ZY41T,ZY43TZY58而不是压力T。吲哚和H2没有这些菌株产生的,和所有的酪蛋白、明胶、淀粉、或渐变80被发现水解。测试的19个抗生素,只有杆菌肽(0.04 IU /盘),呋喃妥英(300µg),新生霉素(30µg /盘),制霉菌素(100µg)、利福平(5µg)和甲氧苄氨嘧啶(5)可能抑制经济增长。仍然抗生素、氨苄西林(10µg)氯霉素(30µg)、环丙沙星(5µg),红霉素(15µg)、庆大霉素(10µg),卡那霉素(30µg)、萘啶酸(30µg),新霉素(30µg),诺氟沙星(10µg)、青霉素G (10 IU),链霉素(10µg),四环素(30µg),或万古霉素(30µg),没有发现是有效的。不同的表型特征区分隔离BND22T和ZY10T相关物种的家庭Haloarculaceae(Salinirubellus salinusZS-35-S2T,Halosegnis长JCM 33317T,Halosegnis rubeusJCM 33319T,Haloglomus irregulareJCM 33318T)最佳生理盐水,利用特定的碳源,而且存在的后卫。菌株ZY41T和ZY58T可能是有区别的Haloglomus irregulareJCM 33318T基于细胞的能动性,明胶水解和动力。应变ZY43之间的区别T和当前的成员Natronomonas包括H2年代形成、细胞形态学、过氧化氢酶和氧化酶活动(表1,2)(Kamekura et al ., 1997;伯恩斯et al ., 2010;金正日et al ., 2013;Duran-Viseras et al ., 2020 a;Duran-Viseras et al ., 2020 b;阴et al ., 2020;Duran-Viseras et al ., 2021)。
表1微分BND22菌株的特征T,ZY10T,ZY41T,ZY58T和他们的密切相关的物种在家庭中Haloarculaceae。
表2差应变ZY43的特征T和Natronomonas物种。
Chemotaxonomic特点
常见的磷脂,phosphatidylglycerol (PG)和磷酸phosphatidylglycerol甲酯(PGP-Me),在菌株BND22检测T,ZY10T,ZY41T,ZY58T。值得注意的是,缺乏phosphatidylglycerol硫酸(后卫)这四个菌株相比Halosegnis和Haloglomus成员。应变ZY43的磷脂概要文件T是PG、PGP-Me和后卫,类似的吗Natronomonas成员(图S6)。不同糖脂是在这五个菌株中发现,三个糖脂(GL1、GL-PL1 GL-PL2)应变BND22T两个糖脂(GL1 GL2)应变ZY10T,一个醣脂类(GL1)菌株ZY41T和ZY58T和两个不同的糖脂(GL01 GL02)应变ZY43T。GL1 TLC的机动性,GL2 (GL-PL1)和GL02类似硫酸mannosyl glucosyl二醚(S-DGD-1) mannosyl glucosyl二醚(DGD-1)和硫酸半乳糖mannosyl glucosyl二醚(S-TGD-1),分别基于一维薄层色谱(图S6)。
MALDI-TOF / MS BND22极性脂类的模式菌株T,ZY10T,ZY41T,ZY58T,ZY43T得到基于负离子模式(图S7)。信号的m / z 731.6, 805.7, 875.7, 885.6, 899.6, 955.7,和969.6 PA, PG, PG (C20.C25)、动力分配PGP-Me,后卫(C20.C25)和PGP-Me (C20.C25),分别。除了菌株ZY41T和ZY58T,991.7 m / z的离子出现在其他DGD-1表示。菌株BND22T,ZY10T,ZY41T,ZY58T显示S-DGD-1信号在1055.7 m / z, 1071.7和1125.7。离子在应变ZY43发现1217.7 m / zTS-TGD-1。此外,几个glycosyl-cardiolipins DGD-PA、S-DGD-PA和S-DGD-PA (+ Na)信号的检测和判断1690.4 m / z,分别为1792.3,1770.3,Lobasso et al ., 2015)。这些结果大多是根据检测到的。
分类的结论
多相和BND22 genome-based分类表明,菌株T(= CGMCC 1.18780TJCM 34966 =T)和ZY10T(= CGMCC 1.17475TJCM 34319 =T),代表了两种不同的新的小说属内物种Haloarculaceae,Halorarius litoreus11月,将军sp. 11月。Halorarius halobiussp. 11月;菌株ZY41T(= CGMCC 1.17030TJCM 34161 =T)和ZY58T(= CGMCC 1.17216TJCM 34163 =T)代表了两种不同的新物种Haloglomus,Haloglomus halophilumsp. 11月和Haloglomus salinumsp. 11月;和应变ZY43T(= CGMCC 1.17202TJCM 34162 =T)代表一种小说Natronomonas,Natronomonas滨sp. 11月。
我们建议萨拉研究所歌et al ., 2022后来异形的同义词Halosegnis长(Duran-Viseras et al ., 2021)。(应变F12-1型T=摄影9685TJCM 33317 =T;这个物种的另一个参考应变,CBA1133 = KACC 22148 = JCM 34265)。
的描述Halorarius11月。
Halorarius(Hal.o.ra 'ri.us。Gr.德文。n。哈尔斯晕、盐;l:德文。adj。orarius,属于海边;N.L.德文。n。Halorarius从海边盐微生物分离)。
细胞Gram-stain-negative、运动型、多形性和球菌样的最佳生长条件。细胞是细胞溶解在蒸馏水。殖民地NHM琼脂板上是红色的,潮湿的,圆的。增长发现20-55°C, 1.7 - -5.1 M氯化钠,0 - 1.0 MgCl2和pH值6.5 - -8.5。过氧化氢酶的活性是积极而氧化酶是负面的。增长可以利用一些糖和酸的生产。文化包含PA, PG、PGP-Me S-DGD-1, DGD-1。种类型Halorarius litoreus。推荐三个字母的缩写:贺南洪。
的描述Halorarius litoreussp. 11月。
Halorarius litoreus(li.to 're.us。l:德文。adj。litoreus,或属于海边)。
模式菌株的细胞多形性(1.0 -1.2×1.0 - -3.0μm),运动型,革兰氏阴性。殖民地是红色的,圆形,直径约5毫米在孵化后的14天37°C。应变类型可以生长在NHM氯化钠浓度的1.7 - -4.8 M和增长最好在3.4 M氯化钠。最优镁浓度为0.03 M,即使镁不是经济增长的必要条件。模式菌株的生长温度范围是20-55°C,与最优35°C。应变与pH值中性类型最适条件为7.5。应变能厌氧生长类型与硝酸而精氨酸或DMSO溶液。减少硝酸盐亚硝酸盐被发现但气体没有生产。不同的底物,D -葡萄糖、蔗糖、D -甘露醇,D -山梨糖醇,乙酸酯、琥珀酸、L -天冬氨酸,L -谷氨酸,L -赖氨酸和L -鸟氨酸,可以用于增长D -果糖,D -半乳糖,乳糖、麦芽糖、D -甘露糖,D -核糖,L -山梨糖,D -木糖、甘油、柠檬酸、延胡索酸酯DL -乳酸,L -苹果酸、丙酮酸L -精氨酸、甘氨酸或L -丙氨酸不支持增长。过氧化氢酶测试是积极的,而氧化酶是负的。吲哚和H2年代地层没有检测到。没有一个酪蛋白、明胶、淀粉水解或渐变80被发现。模式菌株包含PA, PG、PGP-Me DGD-1 (DGD-PA)和S-DGD-1 (S-DGD-PA)。
模式菌株,BND22T(= CGMCC 1.18780TJCM 34966 =T),是孤立的滨海盐渍土样的潮间带位于青岛,PRChina。模式菌株的DNA G + C含量为66.6%(基因组)。基因库/ EMBL / DDBJ加入数字16 s rRNA基因和基因组的应变BND22T分别是MW338920 CP101454-CP101455。
的描述Halorarius halobiussp. 11月。
Halorarius halobius(ha.lo 'bi.us。Gr.德文。n。哈尔斯、晕、盐;Gr.德文。n。bios,生活;N.L.德文。adj。halobius,生长在盐)。
的细胞类型株球菌样的(0.5 - -2.0μm),运动型,革兰氏阴性。殖民地是红色的,圆形,直径约0.5毫米孵化后14天在37°C。应变类型可以生长在NHM氯化钠浓度的3.1 - -5.1 M和增长最好在4.8 M氯化钠。最优镁浓度为0.5 M,即使镁不是经济增长的必要条件。模式菌株的生长温度范围是30 - 50°C,在最佳37°C。应变与pH值中性类型最适条件为7.5。应变能厌氧生长类型与硝酸而精氨酸或DMSO溶液。减少硝酸盐亚硝酸盐被发现但气体没有生产。不同的底物,D -甘露糖、蔗糖、甘油,D -甘露醇,D -山梨糖醇、延胡索酸酯DL -乳酸,L -苹果酸、丙酮酸、琥珀酸、甘氨酸L -天冬氨酸,L -谷氨酸和L -赖氨酸,可以用于增长D -果糖,D -半乳糖,D -葡萄糖、乳糖、麦芽糖、D -核糖,L -山梨糖,D -木糖、醋酸、柠檬酸,L -精氨酸,L -丙氨酸或L -鸟氨酸不支持增长。过氧化氢酶阳性,氧化酶活动。吲哚和H2年代地层没有检测到。没有一个酪蛋白、明胶、淀粉水解或渐变80被发现。应变类型包含PG、PGP-Me DGD-1 S-DGD-1。
模式菌株,ZY10T(= CGMCC 1.17475TJCM 34319 =T),是孤立的从天然海盐生产的黄花海洋太阳能河北盐场,PRChina。模式菌株的DNA G + C含量为66.8%(基因组)。基因库/ EMBL / DDBJ加入数字16 s rRNA基因和基因组的应变ZY10T分别是MN589739 CP101161-CP101165。
的描述Haloglomus halophilumsp. 11月。
Haloglomus halophilum(ha.lo 'phi.lum。Gr.德文。n。哈尔斯,晕盐;Gr.德文。adj。费罗斯爱的;N.L.中子弹。adj。halophilum嗜盐,盐)的有关要求。
的细胞类型株球菌样的(0.5 - -2.0μm),运动型,革兰氏阴性。殖民地是红色的,圆形,直径约0.5毫米孵化后14天在37°C。应变类型可以生长在NHM氯化钠浓度的2.1 - -4.8 M和增长最好在3.1 M氯化钠。最优镁浓度为0.7 M,即使镁不是经济增长的必要条件。模式菌株的生长温度范围是25-60°C,最佳在40°C。应变与pH值中性类型最适条件为7.5。模式菌株不能生长厌氧与精氨酸,DMSO溶液、硝酸。减少硝酸盐亚硝酸盐被发现但气体没有生产。不同的底物,甘油,D -甘露醇,D -山梨糖醇,乙酸,DL -乳酸、丙酮酸、琥珀酸、L -鸟氨酸和L -赖氨酸,可以用于增长D -果糖,D -半乳糖,D -葡萄糖、乳糖、麦芽糖、D -甘露糖,D -核糖,L -山梨糖、蔗糖、D -木糖、柠檬酸、延胡索酸酯,L -丙氨酸,L -精氨酸,L -天冬氨酸,L -谷氨酸、甘氨酸或L -苹果酸不支持增长。过氧化氢酶阳性,氧化酶阴性。吲哚和H2就不会产生。没有一个酪蛋白、明胶、淀粉水解或渐变80被发现。模式菌株包含PG, PGP-Me, S-DGD-1。
模式菌株,ZY41T(= CGMCC 1.17030TJCM 34161 =T),是孤立的从天然海盐生产的黄花海洋太阳能河北盐场,PRChina。模式菌株的DNA G + C含量为67.9%(基因组)。基因库/ EMBL / DDBJ加入数字16 s rRNA基因和基因组的应变ZY41T分别是MK721000 CP101166-CP101168。
的描述Haloglomus salinumsp. 11月。
Haloglomus salinum(sa.li 'num。N.L.中子弹。adj。salinum属于盐工作)
模式菌株的细胞多形性(0.8 -1.0×1.0 - -2.0μm),运动型,革兰氏阴性。殖民地是红色的,圆形,直径约0.5毫米孵化后14天在37°C。应变类型可以生长在NHM氯化钠浓度的2.6 - -4.3 M和增长最好在3.1 M氯化钠。最优镁浓度为0.03 M,即使镁不是经济增长的必要条件。模式菌株的生长温度范围是25-55°C,在最佳37°C。应变与pH值中性类型最适条件为7.0。模式菌株不能生长厌氧与精氨酸,DMSO溶液、硝酸。减少硝酸盐,亚硝酸盐不存在气体并没有生产。不同的底物,D -半乳糖,D -葡萄糖,D -甘露糖、蔗糖、乙酸、丙酮酸DL -乳酸,可以用于增长D -果糖、乳糖、麦芽糖、D -核糖,L -山梨糖,D -木糖、甘油、D -甘露醇,D -山梨糖醇,柠檬酸、延胡索酸酯L -苹果酸、琥珀酸L -天冬氨酸,L -丙氨酸,L -精氨酸,L -谷氨酸、甘氨酸、L -赖氨酸,或L -鸟氨酸不支持增长。过氧化氢酶阳性,氧化酶阴性。吲哚和H2年代生产没有发现。没有一个酪蛋白、明胶、淀粉水解或渐变80被发现。模式菌株包含PG, PGP-Me, S-DGD-1。
模式菌株,ZY58T(= CGMCC 1.17216TJCM 34163 =T),是孤立的从天然海盐生产的黄花海洋太阳能河北盐场,PRChina。模式菌株的DNA G + C含量为68.5%(基因组)。基因库/ EMBL / DDBJ加入数字16 s rRNA基因和基因组的应变ZY58T分别是MK920153 CP101153。
的描述Natronomonas滨sp. 11月。
Natronomonas滨(ma.ri 'na。l .有限元法。adj。玛丽娜海洋)。
的细胞类型株球菌样的(0.5 - -2.0μm),运动型,革兰氏阴性。殖民地是红色的,圆形,直径约0.5毫米孵化后14天在37°C。应变类型可以生长在NHM氯化钠浓度的2.1 - -4.8 M和增长最好在3.1 M氯化钠。最优镁浓度为0.05 M,即使镁不是经济增长的必要条件。模式菌株的生长温度范围是30 - 60°C,最佳在40°C。应变与pH值中性类型最适条件为6.5。模式菌株不能生长厌氧与精氨酸,DMSO溶液、硝酸。减少硝酸盐亚硝酸盐被发现但气体没有生产。不同的底物,甘油,D -山梨糖醇,乙酸,DL -乳酸、丙酮酸、琥珀酸、L -天冬氨酸,L -丙氨酸,L -赖氨酸,L -鸟氨酸可以利用的增长,D -果糖,D -半乳糖,D -葡萄糖、乳糖、麦芽糖、D -甘露糖,D -核糖,L -山梨糖、蔗糖、D -木糖,D -甘露醇、醋酸、柠檬酸、延胡索酸酯L -精氨酸,L -谷氨酸甘氨酸或L -苹果酸不支持增长。过氧化氢酶测试是积极的,而氧化酶是负的。吲哚和H2年代生产没有发现。没有一个酪蛋白、明胶、淀粉水解或渐变80被发现。模式菌株包含PG, PGP-Me,后卫,DGD-1, S-TGD-1。
模式菌株,ZY43T(= CGMCC 1.17202TJCM 34162 =T),是孤立的从天然海盐生产的黄花海洋太阳能河北盐场,PRChina。模式菌株的DNA G + C含量为66.9%(基因组)。基因库/ EMBL / DDBJ加入数字16 s rRNA基因和基因组的应变ZY43T分别是MK920152 CP101154-CP101155。
数据可用性声明
研究的序列数据存入NCBI数据库加入数字MW338920 MN589739, MK721000, MK920153, MK920152, CP101454-CP101455, CP101161-CP101165, CP101166-CP101168 CP101153, CP101154-CP101155。
作者的贡献
Y-PS、B-BW Z-PW, X-WZ执行实验和Y-PS起草了手稿。JH H-LC设计和监督学习。JH H-LC修订后的手稿。所有作者的文章和批准提交的版本。
资金
这项工作是财政支持科技基本资源调查项目(批准号2019 fy100700;2021号fy100900),中国国家自然科学基金(32070003)。
确认
我们感谢教授Aharon奥伦(耶路撒冷希伯来大学的)他的慷慨和有意义的评论。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
补充材料
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关键词:Halorarius、Haloglomus Hatronomonas嗜盐古生菌,潮滩、海洋太阳能盐
引用:太阳y p, b,吴Z-P郑X-W,侯J和崔h l (2023)Halorarius litoreus11月,将军sp. 11月。Halorarius halobiussp. 11月。Haloglomus halophilumsp. 11月。Haloglomus salinumsp. 11月,Natronomonas滨sp. 11月,极端嗜盐古生菌与潮滩和海洋太阳能盐。前面。3月科学。10:1105929。doi: 10.3389 / fmars.2023.1105929
收到:2022年11月23日;接受:2023年1月02;
发表:2023年1月17日。
编辑:
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*通信:Heng-Lin崔,cuihenglin@ujs.edu.cn
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