社区的共生细菌在不同生命阶段的珊瑚Dipsastraea黄癣
Jianjun徐1
Guangjun柴
伊琳肖
宝华小
庸李- 1国家重点实验室的微生物的新陈代谢,生命科学与生物技术学院,上海交通大学,上海,中国
- 2深圳广东海洋大学、研究所深圳,中国
珊瑚生活在一个与各种细菌共生关系基本举办健身、健康和生存。虽然共生细菌的多样性被发现在早期阶段的珊瑚,珊瑚的动态细菌社区档案仍差的特点,特别是stage-specific细菌。在这项研究中,细菌群落的专利,鸡蛋和4-day-old浮浪幼体的雌雄同体珊瑚幼虫Dipsastraea黄癣研究了16 s核糖体RNA基因的高通量测序。因此,细菌群落的动态配置文件在父,卵和幼虫d .黄癣提出了。浮浪幼体幼虫的细菌多样性比,有点高d .黄癣父母,和不同的stage-specific共生细菌被发现,例如,Oceanospirillaceae,Kordia,Legionellaceaed .黄癣幼虫,Kiloniellales和Prosthecochloris在成人d .黄癣。细菌群落动态变化的珊瑚成年人和幼虫可能扩大我们的理解珊瑚主机之间的复杂关系及其共生微生物群。
介绍
珊瑚共生功能体的港口一个复杂的微生物组成的财团,包括黄藻、细菌、古细菌、真菌、病毒、原生生物(伟达公关和Rohwer说道,2003)。珊瑚微生物菌群一直在关注他们的潜力保护珊瑚不受环境压力与珊瑚主机及其相关性,如防御病原体,促进珊瑚健康发展,主要以饮食为基础的共生,和环境适应(Krediet et al ., 2013;现金et al ., 2015;眼肌et al ., 2016;杨et al ., 2016;周et al ., 2017;;8:32 et al ., 2019;Babbin et al ., 2021;Gavish et al ., 2021;Kitamura et al ., 2021)。例如,确认珊瑚微生物厌氧氮代谢的启示了珊瑚和礁石生产率(Babbin et al ., 2021)。波洛克et al。(2018)发现的证据coral-microbe phylosymbiosis,珊瑚微生物组成和丰富反映珊瑚发展史。
大多数珊瑚微生物学研究专注于珊瑚成年人(Rohwer说道et al ., 2002;Ceh et al ., 2011)。迄今为止,coral-bacteria共生特别是珊瑚主机及其胞内细菌之间的关系才刚刚开始承认(Kitamura et al ., 2021;莫雅et al ., 2021)。;8:32 et al。(2019)表明,吸收和细菌群落结构发展,支持这个想法,微生物群落可能扮演特定的角色在不同生活史阶段的珊瑚主机。珊瑚微生物群落的建立在早期发育阶段的珊瑚是珊瑚的基础健身、健康和生存(Apprill et al ., 2009;眼肌et al ., 2014;眼肌et al ., 2016)。然而,尽管共生细菌的多样性被发现在生命早期阶段的一些珊瑚(锋利的et al ., 2010;锋利的et al ., 2012;眼肌et al ., 2014;周et al ., 2017;爱泼斯坦et al ., 2019),我们仍然很少知道细菌的动态配置文件在不同发展阶段的一个珊瑚,因为很难获得足够的雄性和雌性配子和珊瑚幼虫在早期发展阶段。因此,调查的动态社区档案在不同人生阶段的一个珊瑚共生细菌对我们的理解与重视的细菌共生体可能的角色,尤其是stage-specific细菌,在主机的发展和coral-bacteria共生,(锋利的et al ., 2010;眼肌et al ., 2014)。
Dipsastraea黄癣是雌雄同体,broadcast-spawning物种珊瑚属于家庭Merulinidae (Shlesinger Woesik, 2021),它能够释放配子包与精子和卵子在产卵期。在这项研究中,以海水为控制细菌多样性的珊瑚d .黄癣家长,卵和幼虫调查,分别使用16 s核糖体RNA基因的高通量测序,目的是揭示珊瑚共生细菌的动态资料,因此找到stage-specific细菌对未来的理解d .黄癣微生物的共生,和利用d .黄癣共生微生物。
材料和方法
珊瑚产卵,幼虫培养
八个殖民地的雌雄同体d .黄癣(ca 30×40×5厘米3),10米远离彼此,收集在Egong湾(114°29得名22°29镑),震源深度5米,深圳,中国,大约1个月前产卵,和培育与循环自然海水游泳池,和温度保持在26°C。2017年6月9日发生产卵。八个珊瑚的配子包从每个父母被捕和转移到独立的实验坦克。浮到水面后,配子包破裂并释放卵子和精子。鸡蛋收集和固定后立即被无菌海水洗。海水在坦克产卵后没有改变,以避免失去精子和保持在26°C。受精大约4天之后,多数幼虫倾向于游泳接近衬底和寻找解决位置,表明他们准备好安定和变质很快;因此,我们收集了4-day-old浮浪幼体幼虫在他们成为青少年解决。因为鸡蛋的数量限制,没有在本研究收集青少年。珊瑚卵、4-day-old幼虫和父片段(图1)是由无菌海水洗几次删除RNALater表面微生物和固定。为了提供足够的生物质成功的PCR扩增,至少50鸡蛋和20个人4-day-old幼虫收集每个珊瑚父母作为一个复制。大约2000毫升的海水在坦克是由一个0.22 -μm过滤器过滤作为一个复制。样品有三个副本都冻结在−80°C进行进一步处理。
图1鸡蛋(左),幼虫(中间),和成人(右)d .黄癣。
DNA提取和高通量测序
对珊瑚成人DNA提取,约1厘米的碎片2包括粘液,组织,和骨架被研钵和研杵在液态氮。蛋白酶(20毫升)添加到蛋用试剂盒DNeasy植物迷你包(猫。不。69104),遵循制造商的指示。提取的DNA保存−20°C。DNA样本,包括卵、幼虫、成人克隆,海水和坦克(3复制每个)扩增使用下面的菌进行基因引物:正向引物(CCTACGGRRBGCASCAGKVRVGAAT)和反向引物(GGACTACNVGGGTWTCTAATCC),由GENEWIZ设计(苏州、中国),针对16 s核糖体RNA基因的变异度高的地区V3-V4细菌。PCR的解决方案包含2.5μl TranStart缓冲区,2μl核苷酸,0.5μl TransStart Taq DNA聚合酶,20 ng的总DNA,每个引物1μl, ddH225μl O在最后一卷。PCR扩增反应是执行以下过程:最初在94°C变性3分钟;35周期为5 s在94°C, 57°C 1.5分钟,10和72°C;最后在72°C扩展5分钟。图书馆PCR的产品质量验证使用安捷伦2100生物分析仪(美国安捷伦科技,帕洛阿尔托,CA)。图书馆的浓度是由Qubit2.0荧光计量化(表达载体,卡尔斯巴德,CA)。所有的扩增子产品排序的Illumina公司Miseq平台根据制造商的指示,使用2×bp模式GENEWIZ(苏州、中国)。
序列分析
分析16 s rDNA序列进行了使用生物信息学包QIIME 1.6 (Caporaso et al ., 2010)。总共有74,9631年生从9个样品中读取生成(三个复制珊瑚父、鸡蛋和幼虫,分别)。包含适配器被Trimmomatic丢弃的序列(博尔格et al ., 2014)。paired-end序列合并使用Pandaseq (Masella et al ., 2012)参数(最小序列长度为430 bp和最大长度为470个基点)。嵌合体序列检测到Usearch 61被废弃。清洁读取使用UCLUST集群。操作分类单元(辣子鸡)被选为97%由pick_open_reference_otus身份。py和绿色煤电数据库(DeSantis et al ., 2006)。辣子鸡注解为叶绿体、线粒体和未赋值的被丢弃。质量控制后,平均27839序列选择从每个样本,从11299年到46463年不等。一个公平的比较分析,样本子样品同等深度的11229年,由core_diversity_analyses.py。总结分类丰富的门、阶级秩序、家庭、和属QIIME水平进行了分析。
统计分析
α多样性统计功能,包括OTU Chao1,香农指数被alpha_diversity.py QIIME计算。组间的差异进行了分析通过单向方差分析和图基的HSD测试。OTU square-root-transformed计数数据。Bray-Curtis距离矩阵建立了检查模式的社区结构和使用)可视化多维标度(nmd)分析。皮尔森相关向量覆盖来演示这分类单元和组之间有很强的相关性的差异。多维统计分析在底漆v7 PERMANOVA +附加(PRIMER-e,探索研究有限,奥克兰,新西兰)。
结果与讨论
共有250555个高质量的16 s rRNA基因序列(干净的读入表1)获得所有的九个幼虫和成虫的样本d .黄癣和海水样本(三个复制)。稀疏曲线表明,多样性达到高原(图S1)。这是一个遗憾,没有16 s rRNA基因序列从鸡蛋中检索由鸡蛋DNA测序样品。16 s rRNA基因读取的数量,辣子鸡,α多样性(香农和曹国伟)估计计算辣子鸡3%不同(表1)。α的细菌群落的多样性d .黄癣幼虫有点高于成人d .黄癣基于香农指数和细菌多样性显示统计差异珊瑚家长,幼虫和海水样本(表1)。主要分享三个样品中细菌辣子鸡属于一类Rhodobacteraceae和Alteromonadaceae (表S1)。共享辣子鸡珊瑚母公司及其幼虫主要属于Bacteriodaceae和Flavobacteriales,尽管这些细菌并没有检测到海水中(表S2)。在海水中控制,其细菌群落组成Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria和拟杆菌(图2)。
表1α在珊瑚和海水环境样品中细菌的多样性。
图2微生物在不同样本的百分比在门(一)和属(B)的水平。一个序列号的不到0.5%的总样本被归为其他序列。
占主导地位的16 s rRNA序列从4-day-old珊瑚幼虫Gammaproteobacteria和拟杆菌(图2)。相比之下,Alphaproteobacteria主导着16 s rRNA基因序列从成人中恢复过来f .黄癣(占总序列(~ 71%图2)。最丰富的幼虫的辣子鸡不明Oceanospirillaceae (OTU2)和Kordiasp。(OTU5),而不明Kiloniellales (OTU1)和Prosthecochlorissp。(OTU10)丰富的成年人(图3)。基于)多维尺度分析和置换多元方差分析(PERMANOVA),我们发现明显的细菌群落组成的变化d .黄癣成年人、幼虫和海水(PERMANOVA:p= 0.03)(图4),例如,Oceanospirillaceae,Kordia,Legionellaceaed .黄癣幼虫,Kiloniellales和Prosthecochloris在成人d .黄癣,而Oceanospirillaceae Rhodobacteraceae, Sediminicole海水。很明显,图4表明,d .黄癣成人和幼虫主机不同的细菌。同样,重要stage-specific变化在细菌中发现概要文件在scleractinian珊瑚的发展疣gemmifera(周et al ., 2017)。眼肌et al。(2014)提出动态总体细菌社区与珊瑚鹿角在生命早期阶段(幼虫,枚少年两星期,3 - 6 - 12个月大的青少年)。Damjanovic et al。(2020)还指出,Pocillopora acuta员工拥有动态和多样的细菌组合。
图3热点图反映的相对丰度和分布辣子鸡前20名。天平0.01和0.1显示了丰度为5%和10%,分别。
图4摘要多维尺度分析微生物群落的海水,珊瑚幼虫,成年人。皮尔森相关向量代表最解决分类细菌辣子鸡。
我们检测到的幼虫Oceanospirillaceae丰富d .黄癣而不是成人d .黄癣(图3,4)。从一些石珊瑚(Oceanospirillaceae已被确认明天et al ., 2012;Rodriguez-Lanetty et al ., 2013)。Oceanospirillaceae只有1周中发现旧的青少年答:millepora,消失在后期开发青少年(眼肌et al ., 2014)。同样的模式出现在加勒比海珊瑚礁Porites astreoides港口高丰富Oceanospirillaceae 4-day-old幼虫而少Oceanospirillaceae提出了11-day-old幼虫(锋利的et al ., 2012)。先前的研究表明,Oceanospirillales,属于Oceanospirillaceae,能够代谢DMSP的珊瑚答:millepora,这表明Oceanospirillaceae可能coral-microbiome交互中扮演着重要的角色,因为DMSP是细菌的碳和硫的来源和产生的共生甲藻(伯恩et al ., 2013)。此外,属Kordia,这是丰富的d .黄癣幼虫(图3,4),以前发现的海胆和海葵(贝克尔et al ., 2009;Herrera et al ., 2017)。属Kordia是许多属隶属于门的家庭Flavobacteriaceae拟杆菌门,以高分子量有机物的降解。许多carbohydrate-active Kordia南极洲IMCC3317T的基因组编码酶,其中一些被归入到大约7多糖利用位点,因此潜在的示范多糖利用率(Lim et al ., 2020)。
相比d .黄癣幼虫,我们发现丰富的细菌Kiloniellales (图3,4在成人d .黄癣以前检测到的海绵和珊瑚幼虫(锋利的et al ., 2012;佳et al ., 2013)。珊瑚Montastraea annularis,Kiloniellales更丰富的健康比患病的珊瑚和珊瑚能够利用硝酸盐通过反硝化作用,表明其对珊瑚的健康的积极作用(现金et al ., 2015)。未来研究的代谢功能Kiloniellales与珊瑚可以解释其丰度高d .黄癣。另一个丰富的细菌在成人d .黄癣是Prosthecochloris(图3,4)。Prosthecochlorissp.是绿色硫细菌,经常在珊瑚中发现Platygyra carnosa和Porites lutea(李et al ., 2014;Cai et al ., 2017)。Prosthecochlorissp.可能提供有机食品和含氮营养珊瑚主机(杨et al ., 2016)。
在这项研究中,最丰富的细菌共享的幼虫和成人不明Rhodobacteraceae(表S1)被发现在珊瑚的早期发展阶段(锋利的et al ., 2012;周et al ., 2017)。尽管这一事实Rhodobacteraceae与病珊瑚(通常是相关的罗德et al ., 2014),辣子鸡属于Rhodobacteraceae也观察到在健康的珊瑚,比如Oculina patagonica和Isopora palifera(陈et al ., 2011;Rubio-Portillo et al ., 2016)。属Roseobacter属于这个家庭Rhodobacteraceae据报道,有一个重要的功能,即提供固定的有机氮Symbiodiniaceae或防御病原菌(Nissimov et al ., 2009)。的Alteromans(OTU836759)和HTCC2207 (OTU805719)属于Alteromonadaceae也发现在这两个吗d .黄癣幼虫和成人在这个研究(表S1)。类似的细菌群体中检测出的幼虫d .黄癣像其他珊瑚,表明这些细菌可能是重要的早期阶段的珊瑚。
基于这项研究,一些核心的细菌之间共享珊瑚幼虫,成年人,和海水比例很小,但,这表明珊瑚d .黄癣海水能够从环境获得的细菌。丰富的细菌人口在珊瑚幼虫,成年人,海水是不同的(图4)表明,细菌的选择合作伙伴的珊瑚主机不是随机的。同样,一些研究也表明可能的水平传播环境的共生细菌海水珊瑚在动态的发展因为微生物群落的变化。例如,眼肌et al。(2014);眼肌et al。(2016)证明水平(环境)的珊瑚细菌,例如,固氮细菌。Apprill et al。(2009)显示,细菌之间的不同生命阶段的组成,即。,prespawned oocyte bundles, spawned eggs, and week-old planulae, and concluded that the onset of association between microorganisms and the coralp . meandrina似乎发生通过浮浪幼体水平吸收超过79 h。Epstein et al。(2019)发现,只有少量的细菌菌株之间共享的后代和各自的父母,揭示细菌建立环境在很大程度上推动在生命早期阶段,建议员工拥有更多的变量微生物与他们的父母相比,表明风选发生珊瑚成熟(爱泼斯坦et al ., 2019)。
相反,锋利的et al。(2010)建议细菌垂直传播策略的基础上,发现细菌的外胚层层新发布的浮浪幼体的幼虫p . astreoides,但不清楚是否有细菌的配子p . astreoides。雷特et al。(2017)发现细菌从配子包浮浪幼体幼虫和父母的殖民地m . hispida基于测序,建议产卵珊瑚m . hispida可以垂直微生物转移到后代相似的细菌群落在不同阶段的基础上吗m . hispida,但在与细菌细胞的存在(男性和女性)配子m . hispida通过显微镜没有验证。周et al。(2017)发现鸡蛋的微生物群落答:gemmifera在父母的殖民地非常类似,表明从珊瑚父母传染给鸡蛋。然而,一些细菌是最终传播的可能性在配子或幼虫环境不能排除。最有可能的是,珊瑚的后代可以通过微生物的吸收部分殖民postspawning associates发布的父母殖民地到周围的海水。的珊瑚d .黄癣在这项研究中,未发现细菌的16 s rRNA基因扩增鸡蛋样品,但我们不能排除细菌的存在d .黄癣鸡蛋,因为鸡蛋的失败检测细菌序列可能导致非常低丰度的细菌或所使用的引物和PCR过程。与此同时,在这项研究中,一些细菌之间共享珊瑚父母和幼虫和stage-specific细菌没有在海水中发现,暗示可能垂直转移。是否有珊瑚的垂直传播的细菌d .黄癣需要未来的深入研究,例如,确认的鸡蛋或配子的细菌d .黄癣使用电子显微镜和荧光原位杂交(鱼)。与此同时,共生社区资料的特点d .黄癣在不同地区需要完全使用丰富的样本调查所有生命阶段,例如,配子,幼虫,早期的少年。
根据本研究的结果,幼虫d .黄癣港有点更多的不同的细菌相比成年人d .黄癣。这可能是由于不同的选择性珊瑚在不同生命阶段的能力。已经提出,形态学改变在不同的人生阶段可能提供不同的复杂的领域,这可能会导致一个重大转变的微生物群落结构(周et al ., 2017)。最初的更高的细菌群落的多样性在生命早期阶段的珊瑚,其次是与成人相关联的物种多样性低,已经观察到(Franzenburg et al ., 2013;眼肌et al ., 2014)。同样的情况发生在珊瑚疣gemmifera具有较高的细菌多样性的幼虫和6-day-old青少年比成人阶段(周et al ., 2017)。细菌的多样性越高在生命早期阶段(例如,幼虫期)珊瑚为养分循环提供了一个更高的可能性由于特殊细菌的存在,如Alteromonas和Roseobacter,建议帮助珊瑚幼虫贫营养环境中获取额外的营养物质,从而增加珊瑚的存活率和健身在生命早期阶段(眼肌et al ., 2016)。此外,较高的幼虫中细菌的多样性可能会增加更多生产抗生素的可能性,从而保护珊瑚幼虫从病原体(锋利的et al ., 2012;眼肌et al ., 2014)。
总之,我们调查了珊瑚的细菌的动态资料d .黄癣成人和它的卵和幼虫的高通量测序方法,以海水为控制。的d .黄癣母公司及其幼虫主机变种细菌社区与幼虫有更高的多样性。共享中细菌d .黄癣成人及其幼虫和海水建议d .黄癣能够从环境中获取特定的细菌。观察到stage-specific细菌,例如,Oceanospirillaceae,Kordia,Legionellaceaed .黄癣幼虫,Kiloniellales和Prosthecochloris在成人d .黄癣,可能是一个重要的线索来解释生物或生态功能的细菌d .黄癣共生功能体。
数据可用性声明
在这项研究中提出的数据集可以在网上找到存储库。库的名称/存储库和加入数量(s)可以找到如下:NCBI SRR号srr12687352 - 12687360和srr12687344 - 12687349。
作者的贡献
JX、ZX和XY完成了实验。JX、GC、YX分析数据。提单和BX参与实验设计。JX ZL设计学习计划和写手稿。所有作者的文章和批准提交的版本。
资金
这项工作是由中国国家自然科学基金(42176146和42176146),主要的国家科研项目,中国(2013 cb956100),和深圳科技研发基金(KJYY20180213182720347)。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
补充材料
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引用
Apprill。,Marlow H. Q., Martindale M. Q., Rappe M. S. (2009). The onset of microbial associations in the coralPocillopora meandrina。ISME J。3,685 - 699。doi: 10.1038 / ismej.2009.3
Babbin a。R。,Tamasi T。Dumit D。,韦伯L。,Rodríguez M. V. I., Schwartz S. L., et al. (2021). Discovery and quantification of anaerobic nitrogen metabolisms among oxygenated tropical Cuban stony corals.ISME J。15日,1222 - 1235。doi: 10.1038 / s41396 - 020 - 00845 - 2
贝克尔p T。,Gillan D. C., Eeckhaut I. (2009). Characterization of the bacterial community associated with body wall lesions ofTripneustes gratilla(海胆纲)使用文化无关的方法。j . Invertebr。病理学研究。100年,127 - 130。doi: 10.1016 / j.jip.2008.11.002
;8:32 R。,统计M。,Koenders A., Paparini A., Bunce M., Huggett M. J. (2019). Establishment of coral-bacteria symbioses reveal changes in the core bacterial community with host ontogeny.前面。Microbiol。10。doi: 10.3389 / fmicb.2019.01529
博尔格a . M。Lohse M。,Usadel B. (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for illumina sequence data.生物信息学2114 - 2120年。doi: 10.1093 /生物信息学/ btu170
伯恩·d·G。,Dennis P. G., Uthicke S., Soo R. M., Tyson G. W., Webster N. (2013). Coral reef invertebrate microbiomes correlate with the presence of photosymbionts.ISME J。7,1452 - 1458。doi: 10.1038 / ismej.2012.172
Cai L。,周G。,Tian R. M., Tong H., Zhang W., Sun J., et al. (2017). Metagenomic analysis reveals a green sulfur bacterium as a potential coral symbiont.科学。代表。7日,9320年。doi: 10.1038 / s41598 - 017 - 09032 - 4
Caporaso j·G。Kuczynski, J。,Stombaugh J。,bitting K。,Bushman F. D., Costello E. K., et al. (2010). QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.Nat,冰毒。7,335 - 336。doi: 10.1038 / nmeth.f.303
Ceh J。,Van Keulen M., Bourne D. G. (2011). Coral-associated bacterial communities on ningaloo reef, Western Australia.《。生态。75年,134 - 144。doi: 10.1111 / j.1574-6941.2010.00986.x
陈c·P。,Tseng C. H., Chen C. A., Tang S. L. (2011). The dynamics of microbial partnerships in the coralIsopora palifera。ISME J。5,728 - 740。doi: 10.1038 / ismej.2010.151
佳d F。,Becking L. E., de Voogd N. J., Pires A. C., Polonia A. R., Egas C., et al. (2013). Habitat- and host-related variation in sponge bacterial symbiont communities in Indonesian waters.《。生态。85年,465 - 482。doi: 10.1111 / 1574 - 6941.12135
Damjanovic K。,Blackall L. L., Menéndez P., van Oppen M. J. H. (2020). Bacterial and algal symbiont dynamics in early recruits exposed to two adult coral species.珊瑚礁39岁,189 - 202。doi: 10.1007 / s00338 - 019 - 01871 - z
DeSantis t . Z。,Hugenholtz P., Larsen N., Rojas M., Brodie E. L., Keller K., et al. (2006). Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB.达成。环绕。Microbiol。72年,5069 - 5072。doi: 10.1128 / AEM.03006-05
爱普斯坦·h·E。,Torda G。,Munday P. L. (2019). Parental and early life stage environments drive establishment of bacterial and dinoflagellate communities in a common coral.ISME J。13日,1635 - 1638。doi: 10.1038 / s41396 - 019 - 0358 - 3
Franzenburg年代。Fraune S。,Altrock P. M., Kunzel S., Baines J. F., Traulsen A., et al. (2013). Bacterial colonization of hydra hatchlings follows a robust temporal pattern.ISME J。7,781 - 790。doi: 10.1038 / ismej.2012.156
Gavish a。R。,Shapiro O. H., Kramarsky-Winter E., Vardi A. (2021). Microscale tracking of coral-vibrio interactions.ISME Commun。1队。doi: 10.1038 / s43705 - 021 - 00016 - 0
Herrera M。,Ziegler M., Voolstra C. R., Aranda M. (2017). Laboratory-cultured strains of the sea anemoneExaiptasia揭示不同的细菌群落。前面。3月科学。4所示。doi: 10.3389 / fmars.2017.00115
Kitamura R。三浦N。,伊藤M。,Takagi T., Yamashiro H., Nishikawa Y.. (2021). Specific detection of coral-associated Ruegeria, a potential probiotic bacterium, in corals and subtropical seawater.生物科技3月》。23日,576 - 589。doi: 10.1007 / s10126 - 021 - 10047 - 2
伟达公关N。,Rohwer说道。(2003). Multispecies microbial mutualisms on coral reefs: The host as a habitat.点。Nat。162年,S51-S62。doi: 10.1086/378684
Krediet c J。,Ritchie K. B., Paul V. J., Teplitski M. (2013). Coral-associated micro-organisms and their roles in promoting coral health and thwarting diseases.Proc,杂志。科学。280年,20122328。doi: 10.1098 / rspb.2012.2328
雷特。,里昂P。,Garrido A. G., Lins U., Santos H. F., Pires D. O., et al. (2017). Broadcast spawning coralMussismilia hispida可以垂直转移相关细菌的核心。前面。Microbiol。8。doi: 10.3389 / fmicb.2017.00176
眼肌k。,伯恩·d·G。,Willis B. L. (2014). Onset and establishment of diazotrophs and other bacterial associates in the early life history stages of the coral鹿角。摩尔。生态。23日,4682 - 4695。doi: 10.1111 / mec.12899
眼肌k。,Clode P. L., Kilburn M. R., Thornton R., Willis B. L., Bourne D. G. (2016). Imaging the uptake of nitrogen-fixing bacteria into larvae of the coral鹿角。ISME J。10日,1804 - 1808。doi: 10.1038 / ismej.2015.229
李J。,Chen Q., Long L. J., Dong J. D., Yang J., Zhang S. (2014). Bacterial dynamics within the mucus, tissue and skeleton of the coralPorites lutea在不同的季节。科学。代表。4、7320。doi: 10.1038 / srep07320
Lim Y。,Kang I., Cho J.-C. (2020). Genome characteristics ofKordia南极洲属kordia IMCC3317T和比较基因组分析。科学。代表。10日,14715年。doi: 10.1038 / s41598 - 020 - 71328 - 9
莫雅J。,Girvan S. K., Barkla S. E., Perez-Gonzalez A., Suggett D. J., Blackall L. L.. (2021) Intracellular bacteria are common and taxonomically diverse in cultured and in hospite algal endosymbionts of coral reefs.ISME J。15日,2028 - 2042。doi: 10.1038 / s41396 - 021 - 00902 - 4
Masella a P。,Bartram A. K., Truszkowski J. M., Brown D. G., Neufeld J. D. (2012). PANDAseq: paired-end assembler for illumina sequences.BMC Bioinf。13日,31日。doi: 10.1186 / 1471-2105-13-31
明天k . M。、苔藓a G。,Chadwick N. E., Liles M. R. (2012). Bacterial associates of two Caribbean coral species reveal species-specific distribution and geographic variability.达成。环绕。Microbiol。78年,6438 - 6449。doi: 10.1128 / AEM.01162-12
Nissimov J。,Rosenberg E., Munn C. B. (2009). Antimicrobial properties of resident coral mucus bacteria ofOculina patagonica。《。列托人。292年,210 - 215。doi: 10.1111 / j.1574-6968.2009.01490.x
波洛克f·J。,McMinds R。,史密斯。,伯恩·d·G。,Willis B. L., Medina M.. (2018). Coral-associated bacteria demonstrate phylosymbiosis and cophylogeny.Nat Commun。9日,4921年。doi: 10.1038 / s41467 - 018 - 07275 - x
罗德C。,Arif C., Bayer T., Aranda M., Daniels C., Shibl A., et al. (2014). Bacterial profiling of white plague disease in a comparative coral species framework.ISME J。8日,31 - 39。doi: 10.1038 / ismej.2013.127
Rodriguez-Lanetty M。,Granados-Cifuentes C., Barberan A., Bellantuono A. J., Bastidas C. (2013). Ecological inferences from a deep screening of the complex bacterial consortia associated with the coral,Porites astreoides。摩尔。生态。22日,4349 - 4362。doi: 10.1111 / mec.12392
Rohwer说道。,Seguritan V., Azam F., Knowlton N. (2002). Diversity and distribution of coral-associated bacteria.3月生态。掠夺。爵士。243年,1 - 10。doi: 10.3354 / meps243001
Rubio-Portillo E。,桑托斯F。,Martinez-Garcia M., de Los Rios A., Ascaso C., Souza-Egipsy V., et al. (2016). Structure and temporal dynamics of the bacterial communities associated to microhabitats of the coralOculina patagonica。环绕。Microbiol。18日,4564 - 4578。doi: 10.1111 / 1462 - 2920.13548
锋利的k . H。Distel D。,Paul V. J. (2012). Diversity and dynamics of bacterial communities in early life stages of the Caribbean coralPorites astreoides。ISME J。6,790 - 801。doi: 10.1038 / ismej.2011.144
锋利的k . H。,Ritchie K. B., Schupp P. J., Ritson-Williams R., Paul V. J. (2010). Bacterial acquisition in juveniles of several broadcast spawning coral species.《公共科学图书馆•综合》5,e10898。doi: 10.1371 / journal.pone.0010898
Shlesinger T。,Woesik R. (2021). Different population trajectories of two reef-building corals with similar life-history traits.j .似的。生态。90年,1379 - 1389。doi: 10.1111 / 1365 - 2656.13463
现金N。,Zaneveld J., Vega Thurber R. (2015). Phage-bacteria network analysis and its implication for the understanding of coral disease.环绕。Microbiol。17日,1203 - 1218。doi: 10.1111 / 1462 - 2920.12553
杨s . H。,Lee S. T. M., Huang C. R., Tseng C. H., Chiang P. W., Chen C. P., et al. (2016). Prevalence of potential nitrogen-fixing, green sulfur bacteria in the skeleton of reef-building coralIsopora palifera。Limnol。Oceanogr。61年,1078 - 1086。doi: 10.1002 / lno.10277
关键词:Dipsastraea黄癣,人生阶段,细菌社区,高通量测序,水平传播
引用:谢许J,柴G,肖Y, Z,杨X,肖廖B, B和李Z(2023)社区的共生细菌在不同生命阶段的珊瑚Dipsastraea黄癣。前面。3月科学。10:1055848。doi: 10.3389 / fmars.2023.1055848
收到:2022年9月28日;接受:2023年1月04;
发表:2023年1月19日。
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