原始研究的文章

前面。对。水珠。变化,2022年12月22日
秒。害虫、病菌入侵
卷5 - 2022 | https://doi.org/10.3389/ffgc.2022.1056980

健康状况和mycobiome地中海树种的多样性

塞吉奥Diez-Hermano ^{1、2 *},

Farooq艾哈迈德 ^1、2,

Jonatan Nino-Sanchez^1、2,

阿尔瓦罗·贝尼托^1、2,

埃琳娜的绅士^1、2,

劳拉Morejon Escudero²,

威尔逊Acosta龙葵^1、2和

胡里奥·哈维尔Diez ^{1、2 *}

¹可持续森林管理研究所(iuFOR) Palencia、西班牙巴利亚多利德大学
²工厂生产和森林资源部门更高的农业工程技术学校(ETSIIAA)的帕伦西亚Palencia、西班牙巴利亚多利德大学

作品简介:地中海森林目前面临着激增的非生物胁迫因素,例如干旱和大规模火灾由于气候危机和人类的压力。对生物压力也增加了,包括各种害虫和病原体的能力减弱和潜在森林植物死亡。微生物的生物多样性保护森林免受下降增加树的坚韧性和适应性。

目的:与客观分析健康状况和真菌多样性之间的关系,在当下工作的拒绝和健康的标本mycobiota梯形地中海树种被描述和比较。

方法:为此,从西班牙的森林减少树皮和木材齿栗叶的可能(栗)Quercus冬青属植物(麻栎),Quercus木栓(栓皮栎),Quercus pyrenaica(比利牛斯山脉的橡木)采样和内部转录间隔区(ITS1)基因组测序。

结果:结果显示子囊菌类的优势,担子,Mucoromycota在所有样本。α多样性在属水平不受健康状况的影响,表现为不均匀,差分布的真菌群落主要由几个属。之间的差异丰富(DA)属健康,拒绝样本中发现栗子(15),麻栎(6)和比利牛斯山脉的橡木(4)树,但不是在软木橡树。一些属植物保护潜在著称,如木霉属被发现只在健康的树木。功能概要文件显示优势植物病原体和腐生生物在所有树种,无论他们的健康状况。

讨论:本研究强调的重要性地中海森林生物多样性保护区和突出了地上组织的价值作为一个有效的方法来评估森林的微生物多样性的变化以应对生物和非生物压力。

1介绍

森林是非常宝贵的对于他们所提供的生态系统服务。森林生物多样性作为避难所和作为重要的碳汇,但全球正在经历严重的退化,威胁到他们的存在(Trumbore et al ., 2015)。森林退化特征通常是通过破坏站结构,功能失调,降低了生产力的破坏人类活动(Ghazoul et al ., 2015;Vasquez-Grandon et al ., 2018)。因此,森林弹性严重受损。森林衰退可以列为森林退化的一个重要因素,包括降低增长速度和活力的树木,土壤肥力,最终,永久死亡的树木(朱和李,2007年)。

几个因素导致森林减少,使得它难以查明具体原因。各种各样的模型树死亡的概念(休斯顿,1981;马尼恩,1991)和所有人分享的想法森林衰退发生在森林环境压力因素与各种生物制剂在不同的发展阶段。减少树木常常表现出减少水运由于减少径向增长,创造了一个不平衡的特点树叶和water-providing根(马尼恩,2003)。这导致改变碳平衡和系统性体内平衡,最终增加树敏感性生物袭击和其他压力(麦克道尔et al ., 2008;王et al ., 2012)。这个生理紊乱,与人类行为施加的持续压力和气候危机,触发一个螺旋的过程由非生物和生物之间的相互作用使压力因素,煽动和导致林分水平下降(马尼恩,1991;Amoroso et al ., 2017)。

地中海森林跻身陆地生态系统最受到气候变化导致的危机和生物多样性的丧失土地使用制度(Ochoa-Hueso et al ., 2017;纽伯尔德et al ., 2020)。气象预测伊比利亚和意大利半岛项目严重的降雨量减少,降雨模式的变化和接下来的数十年里,气温上升,使地中海盆地特别容易长干旱期和大规模野火(Camia Amatulli, 2009;Batllori et al ., 2017;阿尔及利亚士兵et al ., 2017)。火灾后土壤暴露在腐蚀性代理和它的复苏可能会阻碍如果其他极端事件,如暴雨、窗口内发生扰动时期(Moran-Ordonez et al ., 2020)。地中海森林土壤特别容易受到这种干扰,随着秋季干燥的夏季是紧随其后的是强烈的70 - 80%的年降水量(Shakesby 2011;Panagos et al ., 2015)。

因此,土壤不稳定和高频率的地中海气候灾害影响的能力树来抵御害虫等挑战和真菌疾病,进而导致树木健康状况的恶化。煽动因素也可以生物起源、等Cerambyx welensii和Coraebus undatus甲虫,在橡树创建隧道和其他落叶的物种和预防和治疗方法存在(Torres-Vila et al ., 2013;Tiberi et al ., 2016)。这些压力不仅直接影响树的健康,而且影响森林微生物群的构成(Bowd et al ., 2022)。成分变化的微生物有很大影响的严重性疾病影响寄主植物(魏et al ., 2018)。在衰退开始之前,树木与更高的微生物多样性带来更多抵抗外部干扰。在体外实验表明,一些微生物群落可以减少病原体的入侵成功(琼斯等人。,2021年)。核心微生物组件能够缓冲植物从极端环境条件也被确定(蒂姆et al ., 2018)。树木和微生物之间的关系是如此之近,考虑他们作为共生功能体——的功能实体macrobe及其形成的长期和短期对微生物和病毒”(戈登et al ., 2013)——已被建议作为必要的应对森林下降(Bettenfeld et al ., 2020)。

在植物的微生物,真菌多样性(mycobiota)是特别感兴趣的陆地生态系统,因为许多生存,营养,和交互策略依赖于他们。目前,国际生活MycoRestore财团,专注于地中海森林从西班牙,意大利和葡萄牙,试图利用真菌学的生物多样性以增加土壤和树的健康,导致更大的森林应对气候变化、干旱、森林火灾、虫害。然而,真菌病原体也可以负责一些最具破坏性的疾病影响树木,如栗疫病所致Cryphonectria parasitica和墨水卵菌引起的疾病疫霉属。Metabarcoding研究表明,土壤真菌的多样性和成分和oomycete社区与症状的严重程度在橡树dehesas下降(Ruiz戈麦斯et al ., 2019)。相反,土壤mycobiota齿栗叶的可能树的影响疫霉cambivora发现特别有弹性的病原体(威尼斯et al ., 2021)。植物材料的直接检查也是非常重要的。Root-associated真菌可以受到病原体的影响,如图所示的有限多元化共生ectomycorrhizas发现Quercus冬青属植物森林的影响疫霉、肉桂(Corcobado et al ., 2014)。此外,分析树的内部组织允许内生真菌的研究,通常作为拮抗剂病原体和植物免疫增强剂的响应(巴斯比et al ., 2016 b;Terhonen et al ., 2019)。内生植物耐受非生物压力,可以增加树如干旱(Bae et al ., 2009;汗et al ., 2016;为et al ., 2019)、盐度(罗德里格斯et al ., 2008)、热(瑞德曼et al ., 2002)。

因此,本工作的目的是阐明植物的多样性之间的关系mycobiota地中海森林和卫生条件,由四个关键物种:麻栎、栓皮栎、栗,巨大的经济重要性在伊比利亚半岛的生态系统,和比利牛斯山脉的橡木特有的西班牙。为此,木头和树皮从健康和拒绝标本采样在地方害虫和真菌疾病流行。通过metabarcoding mycobiota组成评估使用核糖体DNA的ITS1地区。

2材料和方法

2.1抽样网站和程序

树皮和木材样本提取健康的树木下降齿栗叶的可能(栗)Quercus木栓(栓皮栎),Quercus冬青属植物(麻栎),Quercus pyrenaica(比利牛斯山脉的橡木)从萨拉曼卡(卡斯提尔和利昂,西班牙)森林(表1和图1)。每个站点采样与单一树种。抽样进行了所有四个网站在2020年6月和7月。

表1

表1。采样地点的描述。

图1

图1所示。采样地点的位置。(左)西班牙的省份的地图,用红色突出显示的采样萨拉曼卡省。(右)萨拉曼卡省关闭。采样市用黄色突出显示。红点对应采样站点。

抽样地点,减少补丁被定义为高百分比的下降的地区树木(溃疡伤口或阻止流血,> 70%严重枯死的树木和树叶枯萎)。使用卡尺树在胸高直径测量。使用顶点hypsometer树高测量。皇冠条件(%死亡率和落叶)评估根据ICP森林手册第四部分“视觉皇冠的评估条件和损伤因子”(伊奇霍恩说et al ., 2016)。每个采样点之前以公认的生物压力的发生(表1),尽管采样树没有专门测试他们的存在。目前所有选定的症状树还活着的采样和变量虽然相当程度的下降。死亡或濒临死亡的树木没有取样,确保检测真菌属于微生物群落在生理上活跃的树木。代表健康的树木主要是由无症状的树木枯死的免费或皇冠透明度。

三块健康的树木和高度的下降被选在每个站点。材料从五个住树(北方向)采样和汇集阴谋。删除外部树皮后,一个样本/树的主干高度50厘米的衣领,2 - 3厘米的深度。只有木质部和内部树皮层(韧皮部)被认为是在分析。六xylem-phloem样本获得每个树种(两个健康状况×3块),这总计24样本。样本储存在−20°C之前处理。

2.2样品处理

样本解冻,洗了三次,第一次用1毫升0.9%生理盐水,然后再用1毫升7% PVP和1毫升0.9%氯化钠。在10000转离心5分钟后,上层清液去除多酚类物质和杂质被抛弃了。样本然后期间被磨粉5分钟30 Hz (RETSCH毫米400)与2毫米钨钢珠子。DNA从木粉中提取使用EZNA组织DNA工具包(美国GAωBio-tek, Norcross),根据制造商的指示。DNA的产量和纯度测定量子位,然后储存在−20°C到使用。

2.3图书馆准备和测序

标本被用来分子分析生物群系制造商Inc .(美国西萨克拉门托,CA)。区域1真菌内部转录间隔区(ITS1)基因是使用WineSeq放大^®根据专利WO2017096385(定制的引物Becares费尔南德斯,2017)。通过凝胶电泳后质量控制,每个图书馆都汇集在随后克分子数相等的金额和测序一个Illumina公司MiSeq仪器(美国Illumina公司,圣地亚哥,CA)使用2×301 paired-end读取。测序数据分析通过QIIME-based定制和内部生物信息学管道(Caporaso et al ., 2010;Becares费尔南德斯,2017)。Illumina公司适配器和嵌合体是删除(埃德加et al ., 2011)和读取quality-trimmed。ITS1序列被聚集到单体操作分类单元(辣子鸡)97%的序列相似性水平。分类任务和丰富估计进行比较辣子鸡反对统一数据库7.2版(尼尔森et al ., 2019)。稀疏曲线是用来评估测序深度和辣子鸡的数量之间的关系。

2.4统计分析

分析前,考虑,只有ITS1标记,辣子鸡的原始读取被聚集在属水平有更好的信心,并避免误认的密切相关的物种()杨et al ., 2018)。

死亡率差异高度,直径,皇冠,皇冠落叶评估使用Wilcoxon测试(p统计显著性值< 0.05)。P值调整为多个比较通过Bonferroni调整。mycobiome社区之间的差异进行评估的α和β多样性。α多样性评估使用希尔多样性指数根据方程。

D = {(\sum_{我 = 1}^{年代} p_{我} {(r_{我})}^{l})}^{1 / l}

在哪里D是多样性,年代分类单元的数量,p_我属于分类群是所有个体的比例我,r_我的稀有类群我,定义为1 / p_我,l的指数决定了罕见的规模和对应于丰富(l= 1)或equivalence-corrected版本的香农(l= 0)和辛普森指数(l=−1)(罗斯威尔et al ., 2021)。健康状况每树种之间的区别l=[−1,0,1]对比使用Wilcoxon等级测试。

β多样性评价的微分丰富应该考虑考虑到高通量测序计数组成数据(Gloor et al ., 2017)。分析之后anova-like微分表达式分析(ALDEx)技术,这已被证明产生的结果非常相似的交集多个独立的工具(Soneson Delorenzi, 2013;邻居,2021)。读取被转换为集中log-ratio (clr)价值观和per-genus技术变化在每个样本估计使用1000蒙特卡罗实例从狄利克雷分布,它返回观察的后验概率计算考虑到收集的数据(费尔南德斯et al ., 2013)。效应值被计算为中值标准化clr值组间差异。属被视为不同的丰富,如果估计效果大于1(绝对值)和95%置信区间(95% ci)不包括0。

真菌属都是包含在功能分析。每个属被分配一个功能公会获得的“主要生活方式”列显示FungalTraits数据库V1.2 (Polme et al ., 2020)。原始读数字的每个公会总结每个树种和卫生条件和表达为日志₂(公会丰富/总丰度)。

所有分析R环境4.1.3 (R核心团队,2022年)。使用包希尔多样性分析MeanRarity(罗斯威尔Dushoff, 2022)。成分分析都使用了包ALDEx2(费尔南德斯et al ., 2014;Gloor et al ., 2016),CoDaSeq(Gloor里德,2016),zCompositions(Palarea-Albaladejo Martin-Fernandez, 2015)。绘图和数据清洗和使用包格式进行dplyr(韦翰et al ., 2022),doParallel(微软公司和韦斯顿,2022年),ggplot2(韦翰,2016),ggplotify(Guangchuang 2021),ggpubr(Kassambara 2020),ggVennDiagram(高,2021),openxlsx(Schauberger和沃克,2021年),tidyr(韦翰和Girlich, 2022年)。

3的结果

3.1描述的下降

没有观察到不同的高度和直径之间的健康,拒绝树(图2)。皇冠死亡率和落叶高拒绝栓皮栎的样本和麻栎栗显示差异只有在皇冠死亡率。比利牛斯山脉的橡树显示类似的皇冠级别死亡率和落叶与健康状况无关。

图2

图2。Dendrometric测量。箱线图对应15症状和15每树种无症状的个体,后来汇集成3复制n= 5(每健康状况)metabarcoding分析。星号标记显著差异(Wilcoxon测试,pBonferroni调整后< 0.05)。

3.2真菌社区描述

测序后质量控制取得了平均38421(25817 - 66879)读取(中位数和p25—75)和483辣子鸡聚集在属水平相似(97%)(补充表1,2)。一般来说,所有的样品有足够读来捕获大部分的多样性,停滞不前的状态如图所示的稀疏曲线(补充图1)。最常见类群与子囊菌类(∼74%),担子菌类(∼19%),Mucoromycota (∼6%) (图3)。相同的模式观察无论健康状况和生态系统(补充图2)。

图3

图3。分类树。节点规模大小代表辣子鸡的数量和颜色代表subtaxa的数量。冲灰色圆圈表示以下分类级别:门(内部),类(中)、订单(外)。NA,而不是分配。

3.3全球比较健康状况

存在/没有真菌属评估无论树种作为第一种方法找到共性与健康状况有关。有些属只存在于健康(n= 8∼21.1%)或病变(n= 4,∼10.5%)样品,尽管大多数属都是很常见的(n= 26日∼68.4%)(图4一)。降维分析显示没有集群的健康状况的迹象或树种(图4 b)。

图4

图4。总体健康状况对mycobiota的影响。(一)维恩图显示的数量普遍和健康样本之间的独家属(n= 12)和病变(n= 12)树。只属出现在至少10的12个样本/条件。(B)主成分分析(PCA)的存在/缺乏基于clr-transformed丰度。灰色的点对应于属。彩色点对应于样品。总方差解释为前两个维度是35%。

3.4生物多样性分析

健康状况对真菌群落的生物多样性的影响评估每个树种分别。没有发现显著差异的α多样性(图5)。平均而言,健康和患病的样品类似的估计了丰富性,Hill-Shannon和Hill-Simpson索引。真菌社区和所有的样品都不均匀,分布不良是由几个属(通常1 - 3,与山=−1)。高变异被发现特别是在丰富估计,如图所示的扩大间隔希尔的指数方法1(除了麻栎样本)。

图5

图5。每个树种多样性档案和健康状况。曲线代表样本的平均多样性健康和拒绝树,在一个虚构的组合与相同的多样性,但所有物种也同样丰富的(Jost 2006;罗斯威尔et al ., 2021)。水平轴代表指数l希尔的多样性,可以被解释为丰富equivalence-corrected版本(l= 1),香农(l= 0)和辛普森(l= 1)多样性估计。跟踪时间间隔对应于标准误差。没有发现显著差异l= [1,0,1](Wilcoxon测试,n= 3 /树种和健康状况,p> 0.05)。场均可以在之前原始曲线补充图3。

β多样性评估方面的差异在真菌成分使用日志ratio-transformed原始读取的值。之间差异丰富(DA)属健康和患病的样本中发现栗子(15)、麻栎(6)和比利牛斯山脉的橡木(4)树,而不是栓皮栎(图6)。DA属的身份,与相应的效应估计和95%置信区间所示图7。DA属更突出样本中发现拒绝栗子树,比利牛斯山脉的橡树,在样本麻栎健康树。

图6

图6。影响的情节ALDEx微分丰度比较。彩色圆点代表属效应值> 1(紫色如果更多的丰富健康的树木和橙色如果更多丰富的样本样本拒绝树);蓝色的轮廓表示微分丰富(零不包含在95%置信区间);罕见(clr-transformed丰度< 0)非重要属所示黑色和丰富的灰色(clr-transformed丰富> 0),作为代表Bland-Altmann情节补充图4。灰色虚线行显示效果= 1等值线。垂直和水平轴代表日志中值₂转换的丰度差异(样本之间的差异)和色散可变性(样本),分别。

图7

图7。差异丰富(DA)属被ALDEx分析。显示效果点估计和95%可信区间。垂直灰色线表示没有影响。彩色圆点和间隔表明微分丰富(零线不交叉)对于一个给定的树种。只有属效应> 1(绝对值)在至少一个树种所示来促进视觉比较。没有属情节表明其效果是< 1(绝对值)。积极的影响大小有利于健康的状态,反之亦然。置信区间的大小可以被解释为一个代理的影响大小估计鲁棒性(越小越好)。

3.5功能配置

真菌属分配给他们的主要生活方式每个树种和健康状况进行(图8)。虽然植物病原体和腐生生物最丰富的公会在所有情况下,没有一致的与健康状况的关系。植物病原体更丰富的拒绝麻栎和健康的样本的样本栗色和比利牛斯山脉的橡树,而软木橡树的区别是不存在的。功能性公会最大的差异在每个树种丰富花蜜/水龙头腐生生物在栗子,ectomycorrhizas栓皮栎、动物寄生虫麻栎和木材腐生生物在比利牛斯山脉的橡树。一些公会不能发现在健康和减少树木,如乌黑的模具(缺席健康的栗子,河中沙洲橡树和比利牛斯山脉的橡树,并拒绝软木橡树),和动物内共生体(缺席拒绝栗子,河中沙洲橡树和比利牛斯山脉的橡树,和健康的软木橡树)。

图8

图8。比较功能公会之间的拒绝和健康的样本。水平轴代表的丰度表示为日志₂(公会丰富/总丰度)。连接两个点之间的对应拒绝和健康样本之间的差异。

4讨论

人类活动和气候危机导致森林枯死和增加的脆弱性幸存的植物。这样森林被领进了一个螺旋下降的树木被削弱,成为容易受到其他非生物和生物因素,最终将整个生态系统的健康和存在风险。Mycobiota树木受到最近的野火显示增加遗传多样性和群落结构的变化和分类组成(黄et al ., 2016)。失衡的微生物多样性下降的严重程度相关,作为共生功能体的基本功能可能无法保证,减少其健身(Moricca et al ., 2012;Bettenfeld et al ., 2020;律et al ., 2021)。因此,生物多样性作为缓冲,使森林更有弹性,最小化干扰造成的损害。

然而,大多数metabarcoding研究关注商业作物和土壤成分,让树在森林生态系统健康的研究非常匮乏。更少的研究处理地上微生物群及其组成的组织拒绝和健康的树木。例如,它已经表明,叶面真菌可以减少疾病严重程度杨树trichocarpa和使主人更耐锈疾病(巴斯比et al ., 2016 a)。此外,我们所知,只有少数研究试图描述生态系统对气候变化敏感的微生物群地中海森林(拉萨et al ., 2019;Maghnia et al ., 2019;Ruiz戈麦斯et al ., 2019;威尼斯et al ., 2021;Gomez-Aparicio et al ., 2022)。然而,这些研究只关注单个树种或pathosystem,也就是说,Quercus木栓(Maghnia et al ., 2019;Gomez-Aparicio et al ., 2022),Quercus pyrenaica(拉萨et al ., 2019),Quercus冬青属植物(Ruiz戈麦斯et al ., 2019),齿栗叶的可能(威尼斯et al ., 2021),没有人处理地上组织。因此,目前的工作补充之前的研究通过描述mycobiota地上组织拒绝和健康的树木,在西班牙地中海属于关键物种的生态系统。

在我们的研究中没有显著差异的α多样性下降,健康的树木被发现。这个结果相反,更多样的真菌群落中发现了针和边材的下降挪威云杉和抗旱性树,分别从健康组织标本(相比佐丹奴et al ., 2009;Millberg et al ., 2015)。相反的效果被发现在一个棕色的榕树根腐真菌微生物多样性下降(刘et al ., 2022)。水分胁迫也可以减少栓皮栎的内生mycobiota多样性(Linaldeddu et al ., 2011)。尽管如此,在某些情况下,α多样性和植物健康状况之间的相关性被发现弱或根本不存在(Lebreton et al ., 2019;Solis-Garcia et al ., 2021;Romeralo et al ., 2022)。

一些属只发现在拒绝或属健康的样本,可以认定为指标。属的数量指标略高于健康比拒绝树树,发现在其他研究(侯赛因et al ., 2021)。一方面,关于属独家健康样本,Phoma和Periconia已知plant-pathogenic的生活方式。其他属被认为是主要是污水营养的,如葡萄穗霉属,Humicola,Zopfiella,柄孢壳菌属。寄生属等木霉属(真菌上寄生物)和Purpureocillium(动物寄生虫)也只存在于健康的样品和有关改善植物卫生和弹性(龚et al ., 2017;Dutta et al ., 2022)。另一方面,属独家拒绝腐生生物样本(Tetracladium、Preussia Tausonia)或动物寄生虫(Exophiala),尽管它们都没有被描述为对植物有害健康。

属内出现在拒绝和健康的植物,许多人不同的丰富,少数属有显著差异。板栗生态系统最高数量的不同的丰富的属。健康的栗子有4个不同的丰富的属;其中一个,Monocillium拒绝栗子相比明显不同,有一个闻名污水营养的生活方式,一些物种被线虫寄生(Ashrafi et al ., 2017)。一些更丰富的属拒绝栗子也有污水营养的生活方式(Cystofilobasidium、Cladorrhinum Lophiostoma Lophotrichus),和一些植物病原真菌是众所周知的。例如,链格孢属和曲霉属真菌有几个物种专性或兼性病原体。栓皮栎、拒绝和健康之间没有显著差异被发现植物,在α多样性和微分丰富。在其他主机物种,属少根据健康状况不同的丰富。

功能概要文件显示的优势属与致病性和腐生的树种主要的生活方式。这是符合先前的研究表明高百分比的内生菌与致病的潜在的树枝下降Quercus物种(Ragazzi et al ., 2003)。它一直假设弱病原体有内寄生的状态作为其生命周期的一部分可能发挥作用在强调橡树的快速下降(Petrini提出和费舍尔,1990年;Kehr和沃尔夫,1993;Ragazzi et al ., 1995)。环境干旱等逆境诱导交换机内部寄生植物的生活方式从中性致病性(Gonthier et al ., 2006;Moricca Ragazzi, 2008;Porras-Alfaro和住在港湾的居民,2011年)。类型和功能丰富的公会也巧合与最近的研究进行土壤mycobiota dehesas下降(Ruiz戈麦斯et al ., 2019)。这可能表明一个贩卖土传真菌增加地上组织,考虑,强调树显示更高的殖民频率相比,健康树(Ragazzi et al ., 2003)。然而,大量的功能性差异公会根据健康状况没有统一的树种之一。还应该指出,真菌可能有不同的生活方式,当居住在树木材比观测到的土壤中,这将增加变化引起的宿主物种和不同的非生物压力影响每个采样站点更严重。

有一些限制到现在工作时应考虑解释结果。首先,研究后进行提取总DNA,因此不可能检查微生物检测的社区是活的还是死的。病原体不太可能影响稳定的或死亡的社区生态系统中,因此,RNA序列研究(例如,核糖体RNA基因的研究rRNA相反)可以帮助了解病原体影响活跃的社区。第二,缺乏其他纬度的样本和环境条件很难对mycobiomes考虑潜在的环境和人口的影响。还有待探索相结合的生物和非生物压力如何影响mycobiome组成。此外,尽管核糖体DNA的地区被认为是有用的为真菌DNA条形码,在某些属,如镰刀菌素,这些地区非常守恒的跨物种,使OTU识别在物种水平。我们试图避免这个问题通过使用数据属水平有更好的信心。反过来,这阻碍了推断真菌的功能角色基于他们的主要生活方式,因为不同的物种属内可以有非常不同的角色。然而,同一物种可以改变它的作用取决于主机,在网上在任何分类的预测功能公会嘈杂的分辨率水平。此外,数据库还提供部分功能集合的特征,呈现功能分析不完整。最后,对比不同生态系统应该谨慎对待,考虑到有限的样本大小。

作为结论,这项工作我们展示的韧性地上真菌mycobiota四树种位于地中海森林下降。我们的研究表明,αβ多样性而不是真菌群落的多样性明显受到宿主树木的健康状况的影响。一些指标属,只出现在患病或健康的植物也被发现。这些属可能是有价值的评估工厂的健康状况,可以作为预测出现下降。

数据可用性声明

数据和脚本用于本研究中可用以下GitHub库:https://github.com/serbiodh/2022_雷竞技rebatFrontiersForests。原始测序数据可用在NCBI SRA BioProject PRJNA885270。

作者的贡献

AB和收集数据。SD-H和FA分析数据。SD-H、FA、JN-S,呃,WM, JD抽样设计和写的手稿。所有作者的文章和批准提交的版本。

资金

这项工作是由生活项目MycoRestore“创新真菌学的资源使用有弹性的和富有成效的地中海森林受到气候变化的威胁,LIFE18 CCA / ES / 001110”,和项目pid2019 - 110459 - rb - i00和plec2021 - 008076由MICINN(西班牙)以及项目VA208P20由JCYL(西班牙),都在由菲德尔(问题)的预算。JN-S地平线也支持欧盟欧洲研究和创新计划根据MSCA协议101068728。

确认

使用资源的数据分析进行了从“Centro de Supercomputacion德莱昂。卡斯蒂利亚”(SCAYLE)耶稣Lorenzana宝贵的卡门·卡尔沃和技术支持。我们还要感谢那些评论家的洞察力的评论和建议,不仅有助于提高清晰度的手稿,也是我们理解这里给出的结果。

的利益冲突

作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。

出版商的注意

本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。

补充材料

本文的补充材料在网上可以找到:https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/ffgc.2022.1056980/full补充材料

引用

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CrossRef全文|谷歌学术搜索

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