Synaptonemal & CO分析仪:Synaptonemal复杂的工具和交叉分析免疫荧光图像
乔奎姆索里亚诺
安吉拉Belmonte-Tebar
埃琳娜de la Casa-Esperon- 1Centro de Investigaciones地区基于(床),恰拉曼查大学、阿尔瓦塞特省,西班牙
- 2生物细胞生长、分化和激活组,无机和有机化学和生物化学,制药、学院大学德恰拉,阿尔瓦塞特省,西班牙
在卵子和精子的形成,同源染色体通过synaptonemal复杂物理上连接和交换DNA在交叉站点的过程称为减数分裂重组。不重组或有异常的染色体交叉分布通常单独差在随后的细胞分裂,最终在卵子或精子异常数据,这可能导致流产或发育缺陷。沿着synaptonemal复杂交叉数量和分布可以可视化immunofluorescent显微镜。然而,人工分析大量细胞非常耗时和重组研究的一个主要瓶颈。创建了一些图像分析工具来克服这种情况,但他们并不容易获得,不提供synaptonemal复杂的数据,或不解决常见实验困难,如重叠的染色体。克服这些限制,我们创建和验证一个开源ImageJ宏程序,促进和加快了交叉和synaptonemal复杂分析在小鼠染色体传播,以及在其它脊椎动物物种。它是免费的,易于使用和满足建议加强严谨性和再现性在生物医学研究。
介绍
卵子和精子形成通过一种特殊类型的细胞分裂称为减数分裂,同源染色体交换遗传信息。这个过程,称为减数分裂重组,需要编程,发育调节(双边带)启动双链断裂的同源染色体配对和组装的zipper-like multiprotein它们之间的结构(synaptonemal复杂,SC);然后,跨界车(COs)染色体配对结果之间相互交换遗传物质在减数分裂粗线期阶段(图1)。因为是重要的后续在第一次减数分裂染色体隔离:那些不重组经常出现在卵子数量异常,精子和由此产生的胚胎,导致不孕,流产和出生缺陷(Hassold和亨特,2001)。因此,跨界车不仅产生遗传多样性,但也需要适当的染色体隔离在很多有性生殖的生物。因此,减数分裂重组研究最为感兴趣的农业、畜牧业和人类生育和健康(不,1999;Hassold和亨特,2001;汉德尔Schimenti, 2010;亨德森和Bomblies, 2021年)。
图1。男性减数分裂重组免疫荧光可视化的鼠标pachytene-stage核蔓延。(A, B)的精母细胞和抗体应用一种以识别之间的交叉站点(CO)同源染色体配对。这些都是通过synaptonemal复杂(SC)连接在一起,用抗体蛋白质SYCP3, SC组件之一。染色体不是完全凝聚在这一阶段,但是DNA与DAPI染色允许识别每个核蔓延。因此,作为染色体着丝粒还不可见的收缩,但可以与特定的探测或位于光明DAPI染色(表示在B;注意,鼠标不中央着丝粒,但远端)。(C)简化表示在过去的两个同源染色体(蓝色和红色)与两个COs(白色十字架)。这些导致同源染色体之间的相互交换遗传物质,如图示(D)(每个染色体由两个相同的DNA复制(姐妹染色单体,由于以前的DNA复制)加入了着丝点(灰色圆圈)以及其他蛋白质(内聚蛋白、空白椭圆))。
免疫荧光的染色体利差pachytene-stage卵母细胞和精母细胞(卵子和精子前兆)已成为最常见的方法研究减数分裂重组在动物(贝克et al ., 1996;安德森et al ., 1999;de Boer et al ., 2009;科尔et al ., 2012;Imai et al ., 2021)。例如,一个典型的协议鼠标和其他脊椎动物的复合研究使用错配修复蛋白抗体一种识别有限公司网站,抗体SYCP3标签SCs, DAPI染色细胞核DNA和划定,因为染色体不完全凝聚和明显的粗线期阶段(图1)。自一种信号通常是弱,为了分辨假阳性,只有一种焦点在SYCP3标签被认为是真正的因为。如果有必要,可以识别染色体的着丝粒区域与特定的标签(波峰血清)或更强烈DAPI染色(安德森et al ., 1999;Froenicke et al ., 2002;普- et al ., 2013)(图1)。
因为在SCs的频率和分布特征的物种,尽管两性之间的差异可能发生。通常情况下,至少有一个公司/ SC(正确的染色体分离所需的“强制”交叉(马瑟,1937)]。的最大数量取决于染色体的长度和之间的干扰程度,因为,一个有限的现象的发生干扰的出现第二个附近(Sturtevant 1915;穆勒,1916;信谊和罗德,1994;Kleckner 2006)。因此,高频率有限公司已与长SCs或弱干扰(安德森et al ., 1999;de Boer et al ., 2009)。其他因素影响公司分布在许多物种是公司压制在着丝粒染色体收缩,细胞分裂期间扮演重要角色。例如,在小鼠精母细胞染色体的着丝粒位于一个极端,因此,跨界车积累向另一端(安德森et al ., 1999)(图1)。这个分布是生物相关的,因为因为太近着丝粒导致细胞分裂时染色体分离异常(克勒et al ., 1996;羔羊et al ., 1996;Hassold和亨特,2001)。
重组的相关数据的研究,可以从应用中提取pachytene-stage细胞:1)因为每个细胞的数量和每个SC;2)每个细胞的SCs数和每一个的长度;3)因为每个SC相对分布,例如,着丝点。这需要明确识别的SCs(他们经常重叠),因为,着丝粒的位置。在老鼠和其他真兽类哺乳动物X和Y染色体的行为不同于其他(常染色体),因为他们只对和重组通过小(pseudoautosomal)地区;出于这个原因,他们被排除在许多复合研究男性(Baier et al ., 2014;2017年杜蒙特)。
而一种immunodetection已成为常见的许多重组研究过程,手动COs和SCs图像分析可能会非常耗时,因此,构成的一个主要瓶颈。分析也容易产生一定程度的主观性,这一问题已经被复制图像规避在一些研究中得分由两个独立的观察员(Baier et al ., 2014;弗鲁曼et al ., 2015)。图像分析自动化可以解决这些问题通过紧固过程和应用目标检测算法。一个常见的方法是开发定制的软件解决方案。遗憾的是,他们通常不会找到原始实验室之外的广泛使用(Swedlow Eliceiri, 2009;Prevedello Khorasani, 2012;Karopka et al ., 2014)由于一些作者所说的缺乏可用性(木匠et al ., 2012)、严谨性和再现性(布里托et al ., 2020)。为了促进复合分析广泛研究社区,软件应该易于访问和使用,良好的文档记录和支持(木匠et al ., 2012;布里托et al ., 2020)。
事实上,一些工具已经开发了SC分析(de Boer et al ., 2009;米兰et al ., 2019;彼得森et al ., 2019;王et al ., 2019),但是他们中没有一个人能够提取所有上述重组研究的有意义的数据而实现软件的可用性和再现性的要求(木匠et al ., 2012;布里托et al ., 2020)。软件引用de Boer et al。(2009)(对象图像和MicroMeasure)不再可用的引用的网站。他们只用于SC测量,即使作者引用的可能性使用特定的宏观测量有限公司网站和SC长度,遗憾的是它没有被发表,只有在需求。该宏发表在米兰et al。(2019);王et al。(2019)不考虑公司也着丝点分析,虽然没有信息如何实现前可用,后者依赖于一个特定的Python 3包,不是访问用户没有编程技能。公司检测软件基于一种焦点检测也被开发(马丁et al ., 2014;Enguita-Marruedo et al ., 2019),然而,他们不分析SCs和,因此,无法区分正确与工件的因为。最后,应用程序开发的皮特森et al。(2019)进行不同的方法通过分析大量的图像的依赖,同时以一种无监督的方式在后处理分析来消除不想要的结果。这导致相关数据损失,因为重叠SCs是手动消除和性染色体大小而被排斥在外的过滤以及其他长染色体,限制分析短染色体。总的来说,这个方法只能用在非常大的实验数据集,但人工管理意味着成千上万的图像(彼得森et al ., 2019)。此外,该解决方案依赖于软件,CyVerse,这不是很常见的图像分析仪和只有在需求。
我们决定开发自己的应用程序来研究减数分裂重组和分享我们的努力通过会议要求免费软件分发木匠et al。(2012)的建议布里托et al。(2020)在生物医学研究中加强严谨性和再现性。因此,我们选择开发一个开源应用程序作为一个扩展ImageJ /斐济(Schindelin et al ., 2012;施耐德et al ., 2012),因为它是最受欢迎的开源软件bioimage分析大型和交互式用户的社区(ImageJ留言。;斐济、无日期。,n.d. ImageJ门户信息和文档。斐济软件,无日期。ImageJ会议、无日期)。因此,我们的软件有可能被其他ImageJ /斐济轻松地改进或修改用户的特定需求他们重组研究。
材料和方法
硬件和软件特点
软件是在斐济ImageJ的脚本语言,使用ImageJ 1.53 c。10 PC与Windows操作系统上处理一个英特尔酷睿i5 - 4200 CPU @ 1.60 GHz 2.30 GHz和4.00 GB RAM。加布里埃尔Landini形态学的包(Landini 2008插件)和Bio-Formats进口国(Linkert et al ., 2010)所需的软件工作。
验证数据集
软件的效率和准确性验证图像从鼠标粗线的精母细胞应用抗体由于MLH1和SYCP3复染色与DAPI和捕获一个共焦显微镜下如前所述(安德森et al ., 1999;de Boer et al ., 2009;米兰et al ., 2019;Belmonte-Tebar et al ., 2022)。
软件的灵活性和适用性验证在pachytene-stage核图像从其他物种,抗体和捕捉方法(补充图S1)。图片用一种标记和SYCP3抗体得到与我们类似的协议;一些缺乏DAPI染色或使用人体钙质沉着,雷诺氏现象、食管功能障碍,指硬皮病和毛细管扩张(峰值)着丝粒检测血清(普- et al ., 2013)。他们慷慨地捐赠如下:wild-captured家鼠亩骶家与标准的核型和罗伯逊的易位(由克里斯蒂娜•马林和极光Ruiz-Herrera (瓦拉et al ., 2021));Matthey鼠标(亩matheyi马德里自治大学,耶稣的页面((UMA),西班牙)和弗雷德里克·Veyrunes(法国蒙彼利埃大学);长爪沙鼠(梅里恩unguiculatus,耶稣也页面);斑马鱼(鲐鱼类、Yukiko Imai礼貌的遗传学研究所,日本);鸡(背带吊裤带(del Priore Pigozzi, 2020))和鸭(阿拉斯platyrhynchos;两鸟图像得到抗体SMC3代替SYCP3 SC标签和Maria Ines Pigozzi捐赠的皇家研究院Investigaciones基于,大学德布Aires-CONICET阿根廷)。慷慨的捐赠也亩骶彩色图像与抗体RAD51(耶稣页面,乌玛·)和RPA2 (Parijat Chakraborty弗朗西斯卡科尔,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,美国)。
软件开发和验证过程
图像分析使用Synaptonemal & CO分析器是一个自动化的过程。半自动SC识别依赖于自动减去背景使用高斯滤波器和一个滚球算法(斯特恩伯格,1983)。用户设置一个强度阈值是唯一需要手动步骤。之后,一些自动执行二进制操作:摆脱小物体的重建,关闭和打开光滑的表面,最后得到一个SCs的骨架。半自动有限公司及着丝点检测算法是基于一个强度和大小:无论比背景和亮比像素被选中。用户需要确定背景通过创建一个选择在(图2)。
图2。Synaptonemal & CO分析仪促进重组分析。(一)宏可以减少一个复杂的分析,简单的步骤。例如,用户被要求画几个选择(黄多面体)推出一个自动化算法检测COs(黄色的圆圈)。(B)Synaptonemal & CO分析仪是,平均而言,比手工快两倍的方法。Synaptonemal & CO分析仪(Syn&CO)性能相比,斐济和禅宗Lite人工分析。相同的盲图像(n = 20)由每个方法进行了分析。结果分析了广义线性模型和Bonferroni事后测试。酒吧和胡须代表手段和SDs。
SCs具体细节,因为,着丝粒的检测算法可以在宏观的源代码中找到通过寻找“函数SC_analysis,”“CO_analysis函数”和“centromere_analysis函数,分别”。尽管他们工作与大部分的测试图片,隔离检测算法在函数简化了检测适应新形象特征。为了做到这一点,用户只需要改变函数的代码通过一个新的。这个任务已经放宽了对用户没有背景图像分析提供了两个额外的宏(skeletonize_SC_macro_ recorder.ijm, foci_detection_macro_recorder.ijm)生成检测代码,(补充视频教程2和用户手册)。修改对象检测算法避免了手动步骤(如设置一个强度等级在每个图像)分析宏观更加自动化。宏源代码可用https://github.com/joaquim-soriano/Synaptonemal-and-CO-analyzer。
宏是后一个两步过程。首先,我们开发了一个初始版本在老鼠身上粗线期的价差(如上所述),验证的效率和准确性。其次,我们采用宏缓解其他物种和标签的工作。在第一阶段,软件开发团队由一个图像分析师,一个项目经理和一个beta测试人员。项目经理,减数分裂专家决定重组研究的软件需求。图像分析设计了算法和写代码,和beta测试人员检查生成的脚本在一组标准的图像。错误检测和新需求向图像分析师报告,固定前者和后者的实现。软件的第一个版本发布后没有进一步的需求被发现和结果符合那些从手动分析获得一组标准的图像。这些由一个具有代表性的20 20应用小鼠精母细胞图像的一个正在进行的研究项目。每个图像与斐济和手动分析与先前使用的软件在我们的实验室中,禅宗lite(蔡司、从、德国),以及与我们的自动化软件。 Images were randomized and the identities were blinded and coded differently for each of the three analyses until all were completed in order to avoid bias. The beta tester was previously trained on the use of each analysis method with an independent set of images. Data were obtained on a PC running Windows 10 operative system on an Intel Core i7-7500U @ 2.70 GHz 2.90 GHz and 8.00 GB RAM. Total SC length, number of COs per cell (excluding X and Y chromosomes) and duration of the analysis were compared between the three methods in order to determine the script’s accuracy and efficiency. Results were analyzed by generalized linear models (GLM repeated measures) and Bonferroni事后测试用SPSS软件(NIH的贝塞斯达,妈,美国)。
在第二个阶段,软件的第一个版本发布是针对图像的多样性(检查补充图S1)产生的第二个宏观版本,打开不同的图像格式,适用于centromere-specific标签(例如,波峰血清)并提供意味着很容易适应不同图像条件下的宏观检测对象。
结果与讨论
软件分析过程和结果
图像分析使用Synaptonemal & CO分析器是一个自动化的过程。一旦启动,一组窗口问用户执行简单的任务(图2和补充材料:视频教程1和用户手册),直到所需的软件收集所有数据自动执行分析。一旦完成,SCs,因为和顺序分析了着丝粒(补充图S2一个类似的过程(后)补充图S3)。基本上,用户决定是否手动检测因为或着丝粒(如果图像质量太低)或引入参数自动分析(SC自动检测总是默认情况下),然后执行某些检查步骤,可能需要进一步的用户交互(例如,更换一个有限公司不躺在SC或隔离重叠SCs)分析之前就完成了。
Synaptonemal & CO从pachytene-stage核图像分析仪得到以下数据:1)SC每个染色体的长度,2)的长度之和SC每个细胞,3)数量的COs / SC(即。,因为每一对同源染色体之间的数量),4)因为每个细胞的总数和沿着每个SC(5)有限公司位置图3)。公司距离测量从一端开始,与着丝粒选择自动选择结束时明显。如果着丝粒的检测是基于着丝粒标签,每个着丝粒的位置也将交付,以及长度之间SCs结束,因为相对于着丝粒位置,因为每个染色体臂的数量。应用程序还允许排除性染色体,从而限制对常染色体分析染色体(Baier et al ., 2014;2017年杜蒙特)。此外,宏观解决频繁的实际问题通过提供工具,例如,分析SCs重叠。
图3。分析结果显示在斐济。检测元素(SCs,因为,着丝粒和核)可以选择ROI的经理(B)需要强调的RGB图像(一)。在本例中,选择“显示所有“显示所有(行:SCs;圈:因为;箭头:着丝粒,SC测量开始),除了XY染色体(顶部),期间被排除在分析细胞核选择步骤。(C)结果要么是全球(因为数量和总长度的每核SCs)或SC-related:因为数量/ SC,每个SC的总长度和部分长度从一个SC结束(图)着丝粒,如果选为最亲密的CO(部分的长度是1),连续COs(如果多于一个)和相反的SC结束之间最亲密的公司(部分长度为2,等。)。
软件需求和限制
宏观假设SCs是线性的,因为,着丝粒在SCs,着丝粒的数量/ SC是一个或没有。这些标准允许歧视真的从背景疫源地和优化分析pachytene-stage细胞,但不为其他阶段当SCs还没有完全形成。宏不限制图像质量;然而,可怜的染色材料和生病的抓取的图像限制结果的质量和增加分析的时间。根据我们的经验,比传统的荧光共焦显微镜提供更好的结果,计划复消色差的目标和避免信号不匹配close-emitting的荧光染料由于缺乏颜色畸变校正和满足奈奎斯特定理保证最优图像分辨率(桑德森2020)。
宏依赖于Bio-Formats进口国插件打开许多许多专有的生命科学图像格式(Linkert et al ., 2010除了标准的(tiff, jpeg,等。)。支持7通道图像;然而,宏观设计分析2 d图像。用户愿意分析图像使用不同的飞机需要在一个崩溃。这可能对SCs的长度和形状进行调整或导致太多的SC重叠的程序有效地歧视他们。因此,该工具不适合那些受雇于等应用完整的细胞核秀丽隐杆线虫重组研究Garcia-Muse 2021)。在其它情况下,用户要检查一下图片告诉这些变化是否发生和所需的相关分析。相比之下,2 d图像具有良好的染色体利差减少SC重叠和宏观分析的时间,因此,推荐。
Synaptonemal & CO分析仪提供了可靠和快速公司和SC数据
当比较我们与手工分析的新的应用程序使用斐济或禅lite,类似的结果在COs的数量和总常染色体SC每单元长度(长度之和的SC, X和Y染色体除外)得到(p= 0.308,p分别为= 0.147,GLM)。这表明该方法选择没有显著影响的结果,从而验证我们的应用程序。然而,当完成的持续时间的分析,因为,SCs相比,一个显著的影响观察软件的选择(p< 0.0001,GLM)。Bonferroni事后分析表明,Synaptonemal & CO分析仪(7.1±3.0分钟,平均±标准差)明显比其他人快(大约快两倍)(禅宗lite: 13.7±2.6分钟,斐济:15.9±1.4分钟)(图2)。分析时间变量取决于图像的质量和所需的体力有限公司和SC修正;然而,差异显然是重要的(图2)。鉴于Synaptonemal & CO分析仪的精度和速度,我们已经成功应用在研究由我们组(Belmonte-Tebar et al ., 2022)
适用性:Synaptonemal & CO分析仪分析的图像应用各种抗体和从不同的脊椎动物物种
pachytene-stage染色体传播一种和组织化学染色SYCP3抗体和DAPI是一种常见的技术,研究不同物种的重组。我们的应用程序能够成功地分析这些图像在许多脊椎动物,包括哺乳动物多样性分析,鸟类和鱼类(图4和补充图S1)。
图4。Synaptonemal & CO分析仪的分析是一个多功能的工具应用粗线期的细胞。图像分析来自不同的脊椎动物的例子:(一)wild-captured家鼠(亩骶家)罗伯逊的易位(礼貌的克里斯蒂娜•马林和极光Ruiz-Herrera (瓦拉et al ., 2021)]。(B)Matthey鼠标(亩matheyi,耶稣的页面和弗雷德里克·Veyrunes);(C)鸡(背带吊裤带,礼貌的Maria Ines Pigozzi (del Priore Pigozzi, 2020));(D)斑马鱼(鲐鱼类,由Yukiko Imai);(E)长爪沙鼠(梅里恩unguiculatus,耶稣的页面),(F, G)从小鼠近交品种核(亩骶)标记抗体RPA2和RAD51(由Parijat Chakraborty弗朗西斯卡科尔,耶稣页面,分别)。(E, F)显示的放大视图元素宏观检测的部分在右边。软件识别SCs(行),因为(黄色圆圈),适用时,着丝粒(白色圈);箭头指示的SC结束SC测量开始。它执行不同的荧光染料,中央或远端着丝粒与DAPI染色或嵴,并为公司和SC识别不同的抗体。
复合的研究也与其他免疫染色的方法来完成。因为是维修的结果之一的数以百计的双边带发生在减数分裂的开始。复合中间体的发展可以检查标签蛋白除了一种(亨特,2015;Zickler Kleckner, 2015;灰色和科恩,2016年)。pachytene-stage核图像的分析获得与这些蛋白质,抗体如RAD51和RPA2 (科尔et al ., 2012;Gil-Fernandez et al ., 2021),可以受益于使用我们的宏观所示图4和补充图S1;这些病灶出现在早期阶段和重要地位在粗线期阶段反映了双边带修复一个问题。此外,应用程序还成功地分析图像获得与特定的着丝粒标记(例如,嵴血清),通常采用在减数分裂的研究(普- et al ., 2013)(图4和补充图S1)。着丝粒识别不需要获得SC和公司数据,但他们是否确认DAPI或嵴血清,着丝粒可作为SC测量参考点。
总之,Synaptonemal & CO分析器是一个多功能的工具重组研究脊椎动物核应用不同的抗体:它只能用于实验分析SCs,或SCs + COs,它将与各种染色及抗体。与其他应用程序(彼得森et al ., 2019),它提供了意味着歧视重叠SCs和排除性染色体的分析没有进一步的数据丢失。此外,可以容易地验证结果:软件创建一个结果文件夹和一个图像,一个表和一组文件。结果图像包含所有分析渠道的分析结构和合并。结果表提供了所有相关重组减数分裂研究的数据。最后,还有一个文件对所有检测结构,允许覆盖结果图像,使视觉检查和验证(图3)。
应用程序的其他优点
宏有几个额外的优势:1)它是免费的,一个开源许可下发布(GNU通用公共许可证),是可以通过稳定的公共存储库(https://github.com/joaquim-soriano/Synaptonemal-and-CO-analyzer,https://zenodo.org)和被分配一个DOI (https://zenodo.org/badge/latestdoi/410606632)。2)它非常直观,学习过程是通过用户手册和视频教程作为补充材料和提供https://github.com/joaquim-soriano/Synaptonemal-and-CO-analyzer。进一步支持ImageJ /斐济可以收到使用wiki (ImageJ信息门户和文档,无日期。斐济软件,北达科他州。)和邮件列表(ImageJ留言。;斐济、无日期)表示参考书目。3)它是ImageJ /斐济(运行在Java),这是免费的,开源的,良好的文档记录,确保操作系统(Windows和MacOS)的兼容性。它也是最受欢迎的图像分析和处理软件在生物科学(卡多纳·Tomancak, 2012;Eliceiri et al ., 2012;Schindelin et al ., 2012;施耐德et al ., 2012)。通过使用ImageJ脚本语言,Synaptonemal & CO分析仪可以达到大量用户参与软件的进一步开发。
结论
我们的应用程序将促进研究的遗传,表观遗传和环境因素对复合率的影响,因此,可以增加染色体异常的频率和生育问题。环境影响,影响小鼠的重组,双酚A(一种内分泌干扰物)中发现塑料用于各种消费产品)一直是一个研究对象很长一段时间(亨特et al ., 2003;Susiarjo et al ., 2007;弗鲁曼et al ., 2015)。这些研究结果促使我们搜索和确定一个新效应,饮食,在一项研究中,大大加速了我们的应用程序(Belmonte-Tebar et al ., 2022)。我们继续成功地使用它在我们当前研究复合在雄性老鼠(Belmonte-Tebar et al .,在准备),证明Synaptonemal & CO分析器执行很好,不仅在理论,环境控制,但也有真正的复杂的数据。
Synaptonemal & CO分析仪满足复合领域一个重要的需要通过提供一个有效的和一致的工具分析SC长度和COs数量和分布。与其他应用程序不同的是,它是免费的,托管在一个档案稳定平台,良好的文档记录和直观,在大多数计算机运行,不需要计算技能和广泛的训练,从而促进可用性(木匠et al ., 2012)、严密性和再现性分析(布里托et al ., 2020)。
更重要的是,粗线的应用促进了分析核从不同的脊椎动物物种应用不同的抗体,着丝点识别方法。总之,Synaptonemal & CO分析仪是一种新型的多功能应用工具研究复合,可以为未来的改进。
数据可用性声明
原始数据支持了本文的结论将由作者提供,没有过度的预订。
道德声明
动物伦理委员会批准的研究回顾和大学的动物保健恰拉。动物研究进行之前,但是一些本文中使用的图像已经被测试和验证软件。
作者的贡献
EC-E和JS设计研究。JS开发应用程序的指令下EC-E AB-T的请求。效率与一组验证图像是由AB-T灵活性验证是由JS,结果被EC-E分析和检查。EC-E和JS写的手稿。AB-T EC-E编辑它。AB-T和JS生成指令手册和视频教程和EC-E审查他们。所有作者阅读和批准最终的手稿。
确认
我们感谢Izchel Loyo Navarrete测试这个软件的初始版本。我们也非常感谢所有的研究人员慷慨捐赠的图像,在材料和方法。
的利益冲突
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。
出版商的注意
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。
补充材料
本文的补充材料在网上可以找到:https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2023.1005145/full补充材料
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关键词:减数分裂重组,交叉,synaptonemal复杂,图像分析,ImageJ,斐济,开源软件
引用:索里亚诺J, Belmonte-Tebar和de la Casa-Esperon E (2023) Synaptonemal & CO分析仪:Synaptonemal复杂的工具和交叉分析免疫荧光图像。前面。细胞Dev。杂志。11:1005145。doi: 10.3389 / fcell.2023.1005145
收到:2022年7月28日;接受:09年1月2023;
发表:2023年1月19日。
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