肺炎链球菌基因间泛基因组的生物信息学分析

• ¹南丹麦大学，丹麦

全基因组测序为将基因型与表型联系起来提供了巨大的机会，有助于我们了解人类疾病和细菌致病性。然而，这些分析往往忽略了非编码基因间区(IGRs)。如果忽略igr，关键信息就会丢失，因为基因没有表达就没有什么生物学功能。在这项研究中，我们提出了重要的人类病原体肺炎链球菌(肺炎球菌)的第一个完整的泛基因组，包括基因和IGRs。我们发现，肺炎球菌物种保留了一个小的igr核心基因组，存在于所有分离株中。基因表达高度依赖于这些核心igr，并且通常在每个基因组中发现这些核心igr的几个副本。核心基因与核心igr之间存在明显的连锁关系，81%的核心基因与核心igr相关。此外，我们在核心基因组中鉴定了一个单一的IGR，它总是被分散在系统进化树中的两个高度不同的序列之一所占据。它们的分布表明，这种IGR在分离株之间通过水平调控转移而独立于侧翼基因，并且每种类型可能根据其遗传背景发挥不同的调控作用。